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Microsoft, Wouter! 
Para este caso, es necesario informarte
que los certificados de seguridad se configuran de manera automática para una
página, cuenta de correo o algún método de autenticación; sin embargo, en
ocasiones y dependiendo de la entidad es necesario realizar una configuración
manual de dicho programa; por lo cual, es necesario que nos informes ¿La página
desde donde lo descargas? ¿Es un certificado de seguridad? y si ¿Te encuentras
en un entorno Empresarial u Hogar?
Adicional a lo anterior, dichos
programas también deben de confirmar información antes de acceder al sitio y
podrían ser bloqueados por antivirus; por ello, te sugiero iniciar desactivando
temporalmente el firewall y así
descartar bloqueos en la ejecución, como me informas que aparece almacenado
correctamente en la opción certmgr.msc,
debes comprobar que la configuración de la fecha hora, región y zona horaria
sean las adecuadas.
Si ya comprobaste estos procesos, te
invito a comprobar el funcionamiento del certificado con un inicio en limpio
del sistema; puesto que, en dicha configuración se iniciaran los servicios
básicos del sistema; para ello, sigue las instrucciones de la siguiente nota
técnica: Cómo realizar un inicio limpio en Windows.
¡Esperamos atentamente los resultados! 