Hola, mucho gusto. Jeisson Escamilla. Usuario de Windows con experiencia, y me encantaría ayudarte con tu inconveniente.
Primero, considero que los tres controladores que ves de AMD, AMD, Nvidia aparecen y seguirán instalándose y apareciendo en el administrador de dispositivos, por que tu placa base cuenta con la función de reconocimiento para lectura de Bus específica con dispositivos de AMD y Nvidia. Así no tengas una gráfica externa o dedicada, la placa cuenta con la compatibilidad y el dispositivo para ello, por eso seguirá instalando los controladores. De seguro, si verificas la guía de tu placa base o información específicas y foros, encontrarás la razón por la cual se mantienen instalados estos tres controladores.
Sobre el problema del reconocimiento de los puertos 3.0. ¿Tienes puertos 2.0 en tu placa base o únicamente puertos 3.0?
Algunos dispositivos tienen problemas y no funcionan correctamente en puertos 3.0, pero en los 2.0 funcionan a la perfección. He realizado la prueba con varios ordenadores y dispositivos.
(En especial los bluetooth y receptores bluetooth que se conectan en puertos 3.0 no funcionan tan bien como en los 2.0)
Lo que te recomendaría es que intentes actualizar la BIOS y los puertos USB y Buses desde la página de soporte del fabricante de la Placa base (Si es un ordenador de escritorio armado. Si es una Laptop, busca por marca y modelo, no por placa).
Controladores
Actualizar controladores:
Para actualizar controladores tienes dos opciones. Ambas son bastante simples (Yo recomiendo la primera)
2.1: La primera opción es buscar en la página de soporte del fabricante del ordenador los controladores o Drivers. Si es una Laptop es muy fácil, sólo usas la marca y modelo del ordenador para encontrar la página de descarga en la página de soporte del fabricante. Si es un ordenador de escritorio, debes buscar la información de la placa base en la ventana de "Información del sistema" (Búscala en el menú inicio, la encontrarás fácil. Adjunto imagen de referencia.)
2.2: La segunda opción es usar la ventana de "Administración de dispositivos" para actualizar los controladores, y es muy simple y práctica, sin embargo, muchas veces no cuenta con los controladores más actualizados, o instala controladores genéricos y no los originales diseñados para el ordenador. Te dejo la guía de Microsoft para que uses este método.
https://support.microsoft.com/es-es/windows/act...
Por favor cuéntanos si esta información te ha sido de utilidad para que otras personas con el mismo inconveniente puedan aplicar estos pasos. Mucha suerte. Saludos.