Supongo que esta iniciando el PC desde la unidad USB para esa operación. Si este es el caso Windows no cuenta, dado que esta apagado no puede influir en lo que esta haciendo.
Si esta iniciando la instalación de Linux desde el mismo Windows (Cosa que no creo pero hay que preguntar) debe desistir.
Entiendo que todavía existen algunas distros de Linux aún no han sido optimizadas para equipos recientes que cuenten con UEFI en lugar del viejo BIOS y discos en GPT, no tengo una lista de cuales de ellas lo son y cuales no pero de lo que estoy seguro es que no es problema de Windows.
Deberia consultar este problema en un foro especializado en esa distro en particular.