Se pueden separar en particiones diferentes los archivos de programa del software que tengo instalado, y las carpetas que corresponden al sistema operativo??
R: Para esto que quiere hacer no se puede. Si se refiere a cambiar la ruta de instalación actual de las carpetas de los programas adicionales a Windows no se puede. No es que no se pueda realmente, solo se puede hacer durante la etapa de instalación de cada programa, casi siempre hay una opción en la que se permite elegir la ruta de instalación.
Si tiene muchos programas que pueda volver a instalar, le recomiendo que los desinstale primero y deje solamente aquellos que no puede volver a instalar. Cuando alla clonado vuelve a instalar todos los programas que tenía o quiera eligiendo una ruta diferente en caso de que tenga otro disco físico para ese fin.