Hola, Miguel:
Con permiso del compañero Eric, y una vez ha analizado el Sistema con MalwareBytes y descartada la presencia de malware en el Sistema:
Safety Scanner dispone de un algoritmo que permite detectar posibles amenazas en algunos archivos en función de sus comportamientos. En el primer paso del análisis, estos archivos son marcados como sospechosos y la herramienta indicará que son amenazas. Pero durante toda la ejecución del tiempo del escaneo, Safety Scanner realizará otros tipos de análisis en segundo plano, y será cuando finalmente determinará si son falsos positivos o un malware real.
Por tanto, explicado lo anterior, si su problema es que Safety Scanner le indica inicialmente que hay amenazas, y en el resultado final le indica lo contrario, debe hacer caso al resultado final.
Un saludo.