Justo lo que pensé. De entrada no hay problema por ahora, como lo dije, tener las particiones de arranque de Windows en un disco diferente al de la instalación del sistema es un problema en cuanto el primer disco no falle o no sea retirado del PC.
Mi recomendación, no es necesario aplicarla de inmediato, es que haga una instalación limpia de Windows. Para ello debe dejar conectado únicamente el SSD PCIe, desconecte físicamente los demás. Luego de terminar la instalación vuelve a conectar los discos secundarios. También es necesario tener algunas consideraciones. Por ejemplo, para aprovechar mejor el SSD NVMe debe poner su BIOS en modo UEFI. Y asegurarse de que el puerto de conexión del SSD sea el puerto 0.
Con todas las capturas de imagen, puedo ver que, efectivamente las particiones de arranque y recuperación de Windows se fueron al HDD de 1Tb en lugar de estar en el SSD PCIe. Así mismo, tiene instalado Windows en modo heredado en lugar de modo UEFI, en modo heredado desaprovecha todo el potencial y velocidad del SSD. No es viable mover las particiones de arranque y recuperación del disco mecánico al SSD porque debe hacerlo con programas de terceros y se va a tardar menos haciendo una instalación limpia como recomendé. Para finalizar, así es la mejor y recomendada forma de organización y distribución del particionado. Disco 0 siempre procurar para el disco principal donde va a estar instalado Windows, así en este disco/unidad debe contener las tres (3) particiones principales de Windows (Arranque, Sistema operativo y Recuperación).