Puede usar una de 2 clases para hacer la codificación necesaria, que no tiene que ver con las clases que se relacionan con la clase Encoding.
La primera es System.Net.WebUtility, que provee el método UrlEncode():
string porCodificar = "esto necesita codificarse";
string codificado = System.Net.WebUtility.UrlEncode(porCodificar);
La segunda es System.Web.HttpUtility, que también provee el mismo método:
string porCodificar = "esto necesita codificarse";
string codificado = System.Web.HttpUtility.UrlEncode(porCodificar);
¿Cuál clase usar? Yo decidiría dependiendo del tipo de proyecto. Si su proyecto es ASP.Net, usaría HttpUtility; si fuera cualquier otro tipo de proyecto usaría WebUtility. Esto porque el espacio de nombres System.Web es para proyectos ASP.Net. No lo referenciaría desde un proyecto de otro tipo.