En general, no recomiendo programas que limpian el registro, por que pueden crear problemas de inicio de Windows o errores como el que sucedio en tu sistema.
Si vuelves a utilizar ese programa o alguno similar, trata de que no corrija los problemas automaticamente sino selecciona los problemas que quieres solucionar, en este caso, los accesos directos pertenecientes a Nero 9.
Estaré investigando en donde encontrar esas entradas de registro, pero mientras te queria comentar que los programas que la restauración indica que pueden fallar no son programas sino controladores, y si no has notado algun cambio de performance o reinicios en tu sistema, no tendras mayores inconvenientes.
Saludos!