Hola Joserivas_900, supongo que donde dices "archivos" quieres decir claves de regedit.
Con eliminarlas habría de ser suficiente, de todas formas y para la próxima es buena idea, y fácil, hacer copia previa de regedit antes de manipularlo. Ahora restaurarías y todo quedaría igual en el registro.
Tu sabrás si el PC te funciona correctamente o no para optar a la siempre ardua tarea de formatear.
Saludos,
Xavier