Correcto. Al sistema que ingreses y ejecutes el proceso, se eliminará la información de este Windows pero no se debería eliminar nada en ninguna otra partición. Sin embargo reitero que lo mejor es que hagas el formateo de la partición y la reinstalación de Windows. Esto sólo se puede hacer durante el proceso de instalación del sistema operativo. Dentro de Windows no podrás eliminar la partición que estás utilizando, tendrías que ingresar desde otro sistema en otra partición para que te permita eliminar la que deseas y NO estás utilizando.
En la guía que te he compartido para la instalación de Windows verás el paso a paso. Es durante el proceso de instalación de Windows que te aparece un menú en el que te muestran los discos y particiones. Te aparece la opción de eliminar o formatear la partición. Daz clic a formatear para reinstalar en la misma o daz clic en eliminar para usar el espacio de esta partición para crear otra partición.