Hola. Lo que pasó es normal cuando se aplica una política muy estricta en modo Enforced. Ese archivo .p7b bloquea cualquier aplicación que no esté firmada o autorizada por la política, por eso ahora Windows solo permite ejecutar programas de Microsoft.
¿Puedes abrir PowerShell o CMD como administrador o también están bloqueados? ¿El equipo arranca normalmente al escritorio o se queda en un bucle/restricción al iniciar sesión?
¿Aplicaste la política solo desde gpedit o también copiaste los archivos SIPolicy.p7b/.cip manualmente dentro de CodeIntegrity?