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Microsoft BizTalk Server envía y recibe mensajes de instancia, cada uno de los cuales normalmente representa uno o varios documentos empresariales, como un pedido de compra. Un mensaje de instancia es una instancia de una estructura de mensajes definida por uno o varios esquemas. Un esquema, o un conjunto de esquemas que se usan juntos, define lo que constituye un mensaje de instancia válido. Por ejemplo, un pedido de compra puede definirse para tener varios registros dentro de él, como un registro ShipTo, un registro BillTo, un registro Items, etc. Cada uno de estos registros se puede definir para que contenga sus propios subbrecords y campos. El esquema correspondiente define el posible contenido de estos registros y campos y los mensajes de instancia correspondientes contienen pedidos de compra reales que contienen datos de pedido de compra estructurados según el esquema.
BizTalk Server puede enviar y recibir mensajes de instancia en una variedad extensible de formatos, aunque un formato, XML, tiene una importancia especial como el formato en el que se traducen todos los formatos de mensaje para el procesamiento interno. Un documento XML determinado usa un conjunto bien definido de etiquetas iniciales y finales, organizadas jerárquicamente, para organizar los datos dentro del mensaje y determinar dónde termina un elemento de datos y otro comienza. Uno o varios esquemas XML correspondientes definen qué etiquetas se permiten dentro de otras etiquetas, en qué orden, rigen así la estructura de los mensajes conformes.
Otra amplia categoría de formatos, conocido como formatos de archivo plano, se suelen usar en sistemas heredados. Estos formatos usan algunas combinaciones de delimitadores (como pestañas) y campos de longitud fija para determinar dónde finaliza un elemento de datos y otro comienza.
En esta sección se ofrece una visión general sobre la estructura de estos dos tipos de mensajes que BizTalk Server gestiona habitualmente.