Pathologie numérique à l’aide du service DICOM

  • Article

La pathologie est une branche de la science médicale principalement concernant la cause, l’origine et la nature de la maladie. Il implique l’examen des tissus, des organes, des fluides corporels et des autopsies afin d’étudier et diagnostiquer la maladie.

Historiquement, les biopsies de tissus sont stockées dans des diapositives en verre et examinées au microscope. Cela pose des difficultés lorsque les cliniciens et les pathologistes doivent partager des informations pour les consultations et le diagnostic ainsi que pour la recherche.

L’imagerie numérique est de plus en plus populaire dans le domaine de la pathologie comme moyen de soutenir le partage d’images en dehors du laboratoire, l’entraînement des modèles IA/ML et pour le stockage à long terme. Cette transformation est alimentée par la disponibilité commerciale des instruments pour la numérisation des diapositives de microscope.

Aujourd’hui, les scanneurs de pathologie numérique génèrent généralement l’imagerie dans des formats propriétaires. Cela complique le partage et l’apprentissage du modèle IA/ML, émoussant bon nombre des avantages de la numérisation. Pour faciliter cette transformation, de nombreuses organisations commencent à convertir des diapositives numériques WSI (Qui le Slide Imaging) au format DICOM standard. Une fois ces images au format DICOM®, ces images peuvent être stockées dans des systèmes PACS disponibles commercialement, où elles peuvent être gérées à l’aide d’outils et de processus qui ont été parfaits depuis des décennies par les radiologues.

Service DICOM pour la pathologie numérique

Le service DICOM prend en charge des exigences uniques en pathologie numérique comme :

  1. Mise à l’échelle et performances nécessaires pour charger des instances DICOM de pathologie qui sont de plusieurs GB de taille.
  2. Accès rapide au frame pour permettre à la visionneuse web de panoramiquer et de zoomer les images de pathologie DICOM sans décalage ni flou.
  3. Un moyen économique de stocker des images à long terme après le diagnostic pour l’archivage et la recherche.

Diagram showing whole-slide imaging digitization and cloud storage.

Numérisation

Bien que la norme DICOM prenne désormais en charge les images de diapositives entières (WSI), de nombreux scanneurs d’acquisition ne capturent pas d’images au format DICOM. Le service DICOM prend uniquement en charge les images au format DICOM. Par conséquent, une conversion de format est requise pour WSI dans d’autres formats. Plusieurs solutions commerciales et open source existent pour effectuer ces conversions de format.

Voici quelques exemples code source ouvert outils pour créer votre propre convertisseur :

Stockage

Chaque WSI converti génère une série DICOM avec plusieurs instances.

Chargement par lots

Compte tenu de la plus grande taille et du nombre d’instances qui doivent être chargées, nous vous recommandons de charger par lot chaque série ou un lot de WSIs convertis à l’aide de l’importation

Chargement de streaming

Si vous souhaitez charger chaque fichier à mesure qu’ils sont convertis, vous pouvez utiliser la demande de composant unique STOW comme ci-dessous.

Conditions préalables

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Nous avons testé la prise en charge de dizaines de go de chargement en quelques secondes.

Récupération

Les visionneuses récupèrent des vignettes stockées en tant que trames dans une instance DICOM. Chaque instance DICOM peut contenir plusieurs images. Nous vous recommandons d’utiliser une trame GET à composant unique parallèle pour améliorer les performances.

Conditions préalables

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

Nous avons testé la prise en charge du téléchargement de la vignette 60 Ko dans environ 60 à 70 ms à partir du client.

Utilisateurs

Nous vous recommandons d’utiliser n’importe quelle visionneuse WSI qui peut être configurée avec un service DICOMWeb et une authentification OIDC.

Exemple de visionneuse open source

Suivez les instructions CORS si la visionneuse interagit directement avec le service DICOM

Rechercher un partenaire ISV

Contactez-vous si dicom-support@microsoft.com vous souhaitez travailler avec nos éditeurs de logiciels indépendants partenaires qui fournissent des solutions et un support de bout en bout.

Étapes suivantes

Déployer le service DICOM dans Azure

Utiliser des API DICOMweb avec le service DICOM

Remarque

DICOM® est la marque déposée de l’Association nationale des fabricants électriques pour ses publications de normes relatives aux communications numériques d’informations médicales.