ENCODE : Encyclopedia of DNA Elements

Notes

Mise à jour importante mai 2025 : Chère communauté, nous aimerions vous informer d’une modification à venir concernant les jeux de données ouverts Genomics actuellement disponibles via Azure. Après un examen attentif, nous avons décidé de nous concentrer sur de nouvelles initiatives qui serviront mieux notre communauté et s’aligneront sur nos objectifs à long terme. Par conséquent, l’accès aux jeux de données ouverts Genomics sur Azure sera déconseillé au cours des prochains mois. Nous comprenons que ces jeux de données ont été utiles pour la recherche, le développement et l’apprentissage, et nous apprécions profondément les contributions et l’engagement de notre communauté au fil du temps. Merci de votre compréhension et de votre soutien.

Le consortium ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) est une collaboration internationale permanente entre des groupes de recherche financée par le NHGRI (National Human Genome Research Institute). L’objectif d’ENCODE est de créer une liste complète des éléments fonctionnels du génome humain, notamment des éléments qui agissent à l’échelle de la protéine et de l’ARN, et des éléments réglementaires qui contrôlent les cellules et les circonstances dans lesquelles un gène est actif.

Les enquêteurs d’ENCODE utilisent différentes analyses et méthodes pour identifier des éléments fonctionnels. La découverte et l’annotation des éléments génétiques s’effectuent principalement en classant une gamme diversifiée de sources d’ARN, d’études de génomique comparative, de méthodes bio-informatiques intégratives et de curation de contenu réalisée par des êtres humains. Les éléments réglementaires sont généralement étudiés par le biais d’analyses de l’hypersensibilité de l’ADN, d’analyses de méthylation de l’ADN et de l’immunoprécipitation (IP) de protéines qui interagissent avec l’ADN et l’ARN, c’est-à-dire des histones modifiées, des facteurs de transcription, des régulateurs de la chromatine et des protéines de liaison de l’ARN, suivis du séquençage.

Notes

Microsoft fournit Azure Open Datasets « en l’état ». Microsoft n’offre aucune garantie, expresse ou implicite, ni de conditions relatives à votre utilisation des jeux de données. Dans la mesure autorisée par votre droit local, Microsoft décline toute responsabilité pour les dommages ou pertes, y compris directs, consécutifs, spéciaux, indirects ou punitifs, résultant de votre utilisation des jeux de données.

Ce jeu de données est fourni selon les conditions initiales par lesquelles Microsoft a reçu les données sources. Le jeu de données peut inclure des données provenant de Microsoft.

Source de données

Ce jeu de données est une copie du magasin de données sur https://www.encodeproject.org/

Volumes de données et fréquence de mise à jour

Ce jeu de données contient approximativement 756 To de données et est mis à jour quotidiennement.

Emplacement de stockage

Ce jeu de données est stocké dans les régions Azure USA Ouest 2 et USA Centre-Ouest. Nous recommandons de placer les ressources de calcul dans la région USA Ouest 2 ou USA Centre-Ouest à des fins d’affinité.

Accès aux données

USA Ouest 2 : « https://datasetencode.blob.core.windows.net/dataset  »

USA Centre-Ouest : « https://datasetencode-secondary.blob.core.windows.net/dataset  »

Conditions d’utilisation

Les utilisateurs de données externes peuvent télécharger, analyser et publier les résultats concernant n’importe quelles données ENCODE, et ce, sans restrictions, indépendamment du type ou de la taille des données. Il n’existe pas de période de grâce pour les producteurs de données ENCODE, que ce soit individuellement ou dans le cadre du Consortium. Les chercheurs qui utilisent des données ENCODE non publiées sont encouragés à contacter les producteurs de données pour discuter des possibles publications. Le consortium continuera à publier les résultats de ses propres efforts d’analyse dans des publications indépendantes.

ENCODE exige que les chercheurs qui utilisent des jeux de données ENCODE (publiés ou non) dans des publications et des présentations citent le consortium ENCODE de toutes les façons suivantes reprises dans https://www.encodeproject.org/help/citing-encode/.

Contact

Si vous avez des questions, des problèmes ou des commentaires, envoyez un e-mail à notre support technique à l’adresse suivante : encode-help@lists.stanford.edu.

Étapes suivantes

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