Solitamente, la divisione di un disco in più partizioni (ognuna con una lettera differente assegnata) può essere utile per tenere separata la parte "dati" (ovvero la partizione su cui si tengono i documenti o, come nel tuo caso, i files provenienti da eMule) dalla parte "programmi" (dove risiedono il sistema operativo ed i software installati).
Il discorso di non sovraccaricare la memoria, in realtà, indica il fatto di lasciare quanto più spazio possibile sulla partizione di sistema per creare un file particolare (chiamato file di paging) che viene utilizzato per fornire ulteriore capacità di memoria al PC andando oltre il quantitativo di RAM fisicamente installata nel sistema: avendo un disco (o una partizione) dedicato solo ai programmi ed al sistema operativo è possibile avere molto spazio libero che non venga occupato da documenti e dati di diverso genere.
Inoltre, il backup dei dati diventa più facile (per certi versi: alcune impostazioni vengono memorizzate comunque sulla partizione di sistema), dovendo preoccuparti di eseguire una copia di dati che risiedono su un punto ben preciso (la seconda partizione) del disco.
Ovviamente, è solo una strategia possibile di utilizzo del disco: c'è anche chi preferisce tenere il disco configurato come unica partizione (e, quindi, unica unità).
Ciao.