La cartella Temp di Windows contiene i file temporanei generici creati dal sistema operativo.
Tutti i file che sono cancellabili (nel senso che NON restituiscono un errore quando si tenta di cancellarli) possono tranquillamente essere eliminati.
La cartella Temp in Utenti\tuonome\utente\AppData contiene dei file temporanei relativi alle applicazioni usata da quell'utente.
Anche lì è possibile eliminare i file che NON restituiscono errore quando si tenta l'eliminazione,
In nessun caso si deve tentare di forzare l'eliminazione di file che sono in uso oppure risultano protetti.
Suggerisco però di non intervenire direttamente nelle cartelle ma usare il tool "pulizia disco" (start > computer , clicca destro sul disco di sistema , proprietà , pulizia disco.
http://www.microsoft.com/business/it-it/Content/Pagine/article.aspx?cbcid=35
Ciao