Non credo possibile una "incompatibilità" con Java.
Rimuovi TUTTE le versioni java presenti nel sistema (pannello di controllo > programmi e funzionalità).
Poi scarica l'ultima versione e salva il file in una cartella:
http://www.java.com/it/download/
Clicca destro sul file e scegli "esegui come amministratore".
Ricorda di usare SEMPRE Internet Explorer 9 a 32 bit (anche se il tuo sistema è a 64 bit) per garantire la massima compatibilità.
Ciao