Uso anche io Qnap, e a volte fa qualche "scherzo" del genere, non accorgendosi che ci sono file aperti rinomina (o addirittura elimina) cartelle.
Il filesystem di qnap è basato su linux, e se ci accedi direttamente (sopratutto se il NAS non è agganciato ad un dominio Active Directory), purtroppo può capitare.
Verifica sulle condivisioni Qnap se hai abilitato il Lock dei file.
Per il resto, come detto, ti rimando alla community specialistica Server, su Technet