Ciao Hw_Test.
Le due cartelle nascono con scopi diversi.
Quando si utilizza una versione a 64 bit di Windows, è importante mantenere un corretto isolamento tra le versioni a 32 bit e le versioni a 64 bit di file eseguibili e librarie dinamiche: la cartella C:\Program Files (x86) viene utilizzata come percorso di installazione per gli applicativi a 32 bit, mentre la cartella SysWOW64 è la cartella di sistema che contiene tutti i files di sistema necessari per l'esecuzione di applicazioni a 32 bit (in pratica, svolge lo stesso ruolo della cartella C:\Windows\System32, anche se i nomi potrebbero essere fuorvianti).
La redirezione verso la cartella corretta viene eseguita automaticamente dal sistema operativo: se installi un software a 32 bit, i suoi file di programma andranno nella cartella C:\Program Files (x86).
Ciao.