ENCODE: Enciclopedia degli elementi del DNA

Nota

Aggiornamento importante di maggio 2025: Cara community, microsoft vuole informare l'utente di una modifica imminente relativa ai set di dati aperti di Genomica attualmente disponibili tramite Azure. Dopo un'attenta considerazione, abbiamo deciso di spostare il nostro focus su nuove iniziative che serviranno meglio la nostra comunità e si allineano ai nostri obiettivi a lungo termine. Di conseguenza, l'accesso ai set di dati aperti di Genomica in Azure verrà deprecato nei prossimi mesi. Questi set di dati sono utili per la ricerca, lo sviluppo e l'apprendimento e apprezziamo profondamente i contributi e l'impegno della nostra community nel corso del tempo. Grazie per la comprensione e il supporto.

L' Enciclopedia degli elementi del DNA (ENCODE) Consortium è una collaborazione internazionale continuativa di gruppi di ricerca finanziati dal National Human Genome Research Institute (NHGRI). L'obiettivo di ENCODE è quello di creare un elenco completo di elementi funzionali nel genoma umano, inclusi elementi che agiscono a livello di proteine e RNA, e elementi regolatori che controllano le cellule e le circostanze in cui un gene è attivo.

I ricercatori di ENCODE utilizzano vari saggi e metodi per identificare gli elementi funzionali. L'individuazione e l'annotazione di elementi genetici vengono eseguite principalmente tramite il sequenziamento di una vasta gamma di origini di RNA, genomica comparativa, metodi bioinformatici integrativi e selezione umana. Gli elementi regolatori sono tipicamente studiati attraverso saggi di ipersensibilità del DNA, saggi di metilazione del DNA e immunoprecipitazione (IP) di proteine che interagiscono con il DNA e l'RNA, cioè istoni modificati, fattori di trascrizione, regolatori della cromatina e proteine che legano l'RNA, seguiti da sequenziamento.

Nota

Microsoft fornisce i set di dati aperti di Azure così come sono e non fornisce né garanzie, esplicite o implicite, né specifica alcuna condizione in relazione all'uso dei set di dati. Nella misura consentita dalla legge locale, Microsoft declina tutte le responsabilità per eventuali danni o perdite, incluse dirette, consequenziali, speciali, indirette, accidentali o irreversibili, risultanti dall'uso dei set di dati.

Questo set di dati viene fornito in conformità con le condizioni originali in base alle quali Microsoft ha ricevuto i dati di origine. Il set di dati potrebbe includere dati provenienti da Microsoft.

Origine dati

Questo set di dati è un mirror dell'archivio dati in https://www.encodeproject.org/

Volumi di dati e frequenza di aggiornamento

Questo set di dati include circa 756 TB di dati e viene aggiornato ogni giorno.

Posizione di archiviazione

Questo set di dati è archiviato nelle aree di Azure Stati Uniti occidentali 2 e Stati Uniti centro-occidentali. È consigliabile posizionare le risorse di calcolo negli Stati Uniti occidentali 2 o negli Stati Uniti centro-occidentali per affinità.

Accesso ai dati

Stati Uniti occidentali 2: 'https://datasetencode.blob.core.windows.net/dataset'

Stati Uniti centro-occidentali: 'https://datasetencode-secondary.blob.core.windows.net/dataset'

Condizioni per l'utilizzo

Gli utenti dei dati esterni possono scaricare, analizzare e pubblicare liberamente i risultati basati su qualsiasi dato ENCODE senza restrizioni, indipendentemente dal tipo o dalle dimensioni, e non prevede alcun periodo di tolleranza per i produttori di dati ENCODE, sia come membri individuali che come parte del Consorzio. I ricercatori che usano dati ENCODE non pubblicati sono invitati a contattare i produttori di dati per discutere delle possibili pubblicazioni. Il consorzio continuerà a pubblicare i risultati delle proprie attività di analisi in pubblicazioni indipendenti.

ENCODE richiede che i ricercatori che usano i set di dati di ENCODE, pubblicati o non pubblicati, in pubblicazioni e presentazioni menzionino ENCODE Consortium in tutti i modi seguenti indicati in https://www.encodeproject.org/help/citing-encode/.

Contatto

In caso di domande, dubbi o commenti, inviare un messaggio di posta elettronica all'help desk di encode-help@lists.stanford.edu.

Passaggi successivi

Visualizzare il resto dei set di dati nel catalogo dei set di dati aperti.