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Microsoft BizTalk Server invia e riceve messaggi di istanza, ognuno dei quali rappresenta in genere uno o più documenti aziendali, ad esempio un ordine di acquisto. Un messaggio di istanza è un'istanza di una struttura di messaggi definita da uno o più schemi. Uno schema o un set di schemi usati insieme definisce ciò che costituisce un messaggio di istanza valido. Ad esempio, un ordine di acquisto può essere definito per avere diversi record al suo interno, ad esempio un record ShipTo, un record BillTo, un record Items e così via. Ognuno di questi record può essere definito in modo da contenere sottorecord e campi personalizzati. Lo schema corrispondente definisce il contenuto potenziale di questi record e campi e i messaggi di istanza corrispondenti contengono ordini di acquisto effettivi che contengono dati sugli ordini di acquisto strutturati in base allo schema.
BizTalk Server può inviare e ricevere messaggi di istanza in un'estendibile varietà di formati, anche se un formato, XML, ha un significato speciale come il formato in cui tutti i formati di messaggio vengono convertiti per l'elaborazione interna. Un particolare documento XML usa un set ben definito di tag iniziali e finali, disposti gerarchicamente, per organizzare i dati all'interno del messaggio e determinare dove termina un elemento di dati e un altro inizia. Uno o più XML Schema corrispondenti definiscono quali tag sono consentiti all'interno di altri tag, in quale ordine, regolando così la struttura dei messaggi conformi.
Un'altra ampia categoria di formati, noti come formati di file flat, viene comunemente usata dai sistemi legacy. Questi formati usano una combinazione di delimitatori (ad esempio tabulazioni) e campi a lunghezza fissa per determinare dove termina un elemento di dati e un altro inizia.
Questa sezione offre una panoramica generale della struttura di questi due tipi di messaggi comunemente gestiti da BizTalk Server.