@entry level さん
おそらく、https://learn.microsoft.com/ja-jp/answers/questions/2046559/webapps-vnet-integration-subnetでお問い合わせのものと類似かと思うので、差分だけコメントします。おそらく、以下のようなイメージを想定されているのかと思量しました。
質問が通信経路のことを言っているのか、通信データを含めているのかわかりませんが、経路についての質問であれば以下の通りです。
[1] appserviceとintegration subnetの送受信トラフィックは安全な接続、通信なのか?
これは過去のお問い合わせの回答にもある通り、InternetではなくAzure内部ネットワークを経由するため、経路としては安全と言えます。
[2] プライベートエンドポイントとazure sql databaseの安全な接続、通信なのか?
ドキュメントに以下のような記述があります。
プライベート エンドポイントは、仮想ネットワークのプライベート IP アドレスを使用するネットワーク インターフェイスです。 ユーザーはこのネットワーク インターフェイスにより、Azure Private Link を利用するサービスに非公開で安全に接続します。
https://learn.microsoft.com/ja-jp/azure/private-link/private-endpoint-overview
[3] subnet間の通信はvertual network内で完結するか?
Integration subnetとPrivate endpointの存在するSubnet間の通信がInternetに出ることがあるか、という意味だとすれば、そういうことはありません。
なお、通信の暗号化などは考慮が必要ですので、例えばデータベースアクセスにSSLを使うなどはアプリケーション開発時の考慮事項です。