近年のOSでは、マウスホイールはマウスカーソル直下のウィンドウに送られます。
実際のところホイールメッセージは「現在キーボートフォーカスを持っているウィンドウ」に送られる仕様は変わっていませんが、OS側がリダイレクトしているわけですね。
この設定がデフォルトで「オン」になったのはここ数年内です。
この動作は次のオプションで変更できます。
タスクバーから「設定」の「デバイス」の「マウス」の「ポイントしたときに非アクティブウィンドウをスクロールする」が「オン/オフ」で動作が変わるはずです。
試してみてはどうでしょう。