WSUS のクリーンアップ ウィザードについて | Japan Microsoft Configuration Manager Support Team Blog (jpmem.github.io)
こちらに詳しい動作が書かれていますが、「期限の切れた更新プログラム」と「置き換えられた更新プログラム」のクリーンアップはメタデータを「拒否済み」に変更するだけの動作で、実際の更新プログラム データの削除は行われません。
ただし「拒否済み」となっていり更新プログラムは、次のクリーンアップで「不要な更新ファイル」が対象であれば、ダウンロード済みの更新プログラムのファイルが削除されます。
このような動作なので、クリーンアップ ウィザードは定期的に実行することが推奨されています。