Windowsの各フォルダーやファイルのアクセス権管理には、「所有者」が大きく影響します。従ってこの所有者を上手く設定して割り当て、管理する事で思う通りの構成やアクセス権設定が出来るはずです。
具体的には各権限別のグループとそのグループの代表管理者(=所有者)を作成して、使い分けます。AdministratorユーザーとAdministratorsグループの様な感じです。
参考)
フォルダーのアクセス権を一括設定して、自分が自由に使えるようにする方法 https://answers.microsoft.com/ja-jp/windows/forum/all/%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%AB%E3%83%80%E3%83%BC/114bf758-13fa-409a-99f9-ff6bce4d40f4