GitHub プロジェクト

さまざまな用途向けにサービスをデプロイするためのソース コードと説明を提供するオープンソース プロジェクトが GitHub に多数用意されています。 GitHub リポジトリにアクセスして、Microsoft の機能と製品を学び、実験することを常に歓迎します。

Azure Health Data Services のサンプル

  • このリポジトリには、Fast Healthcare 相互運用性リソース (FHIR®)、DICOM、MedTech サービス、データ関連サービスなど、Azure Health Data Services のサンプルが含まれています。

FHIR サーバー

データ変換 & の匿名化

FHIR コンバーター

  • microsoft/FHIR-Converter: CLI ツールと $convert データ FHIR エンドポイントを使用して医療レガシ データ形式を FHIR に変換するデータ変換プロジェクト
  • $convert データ操作の形式で、Azure 用の FHIR サービスおよび FHIR サーバーと統合
  • OSS の継続的な改善と、FHIR サーバーへの継続的な統合

FHIR コンバーター - VS Code 拡張機能

匿名化用の FHIR ツール

  • microsoft/Tools-for-Health-Data-Anonymization: FHIR データと DICOM データを識別解除するためのツールを提供するデータ匿名化プロジェクト
  • 操作の形式 de-identified $export で Azure 用の FHIR サービスおよび FHIR サーバーと統合される
  • FHIR データの場合は、Azure BLOB ストレージから FHIR データを読み取り、匿名化されたデータを書き戻すことで、Azure Data Factory (ADF) パイプラインでも使用できます。

分析パイプライン

FHIR Analytics パイプラインを使用すると、Azure FHIR サーバー (Azure Health Data Services FHIR Server)、Azure API for FHIR、および FHIR Server for Azure から Azure Data Lake に FHIR データを四角形化および移動するためのコンポーネントとパイプラインを構築し、Azure Synapse AnalyticsPower BIAzure Machine Learning を使用して分析できるようにします。

これら 2 つのソリューションの説明と機能を以下にまとめます。

FHIR から Synapse Sync エージェントへ

FHIR から Synapse Sync Agent は、FHIR リソース API を使用して FHIR サーバーからデータを抽出し、階層型 Parquet ファイルに変換し、ほぼリアルタイムで Azure Data Lake に書き込む Azure 関数です。 このエージェントには、Parquet ファイルを指す Synapse Serverless SQL プールに外部テーブルとビューを作成する スクリプト も含まれています。

このソリューションを使用すると、Synapse Studio、SSMS、Power BI などのツールを使用して、FHIR データ全体に対してクエリを実行できます。 Synapse Spark プールから Parquet ファイルに直接アクセスすることもできます。 すべての FHIR データにほぼリアルタイムでアクセスし、ダウンストリーム システムへのカスタム変換を延期する場合は、このソリューションの使用を検討する必要があります。

FHIR から CDM パイプライン ジェネレーター

FHIR から CDM パイプライン ジェネレーターは、$export API を使用して FHIR サーバーから AZURE DATA LAKE STORAGE Gen 2 .csv 形式の CDM フォルダーにデータのスナップショットを移動するための ADF パイプラインを生成するツールです。 このツールには、FHIR リソースとフィールドをテーブルに投影およびフラット化する手順を含む、ユーザーが作成した構成ファイルが必要です。 Synapse ワークスペースでダウンストリーム パイプラインを作成する 手順 に従って、CDM フォルダーから Synapse 専用 SQL プールにデータを移動することもできます。

このソリューションを使用すると、CDM フォルダーに書き込まれるデータを表形式に変換できます。 FHIR サーバーから抽出される FHIR データをカスタム スキーマに変換する場合は、このソリューションを検討する必要があります。

MedTech サービス

IoT Hub および IoT Central との統合

  • microsoft/iomt-fhir: データ正規化を使用した IoT Hub または IoT Central から FHIR への統合および正規化されたデータの FHIR 変換です
  • 正規化: デバイス データ情報は、追加処理のために一般的な形式に抽出されます
  • FHIR 変換: 正規化され、グループ化されたデータは FHIR にマップされます。 構成されたテンプレートに従って観察が作成または更新され、デバイスと患者にリンクされます。
  • 会話マップの構築に役立つツール: デバイス入力データを正規化するためのマッピング構成を視覚化し、FHIR リソースに変換します。 開発者はこのツールを使用して、デバイスと FHIR の宛先マッピングを編集およびテストし、Azure portalの MedTech サービスにアップロードするためにエクスポートできます。

HealthKit と FHIR の統合

  • microsoft/healthkit-on-fhir: Apple HealthKit データの FHIR サーバーへのエクスポートを自動化する Swift ライブラリ。

DICOM サービス

DICOM サービスは、Azure に簡単にデプロイできる DICOM 用のオープン ソース の Medical Imaging Server を提供します。 これにより、DICOMweb™ 対応システムとの標準ベースの通信が可能になり、DICOM メタデータを FHIR サーバーに挿入して患者データの全体像を作成できます。 詳細については 、DICOM サービス を参照してください。

次の手順

この記事では、さまざまな用途でサービスを試してデプロイできるようにするソース コードと手順を提供する Azure Health Data Services オープン ソース GitHub プロジェクトの一部について学習しました。 Azure Health Data Services の詳細については、次を参照してください。

(FHIR®) は HL7 の登録商標であり、HL7 の権限を得て使用しています。