GitHub プロジェクト

  • [アーティクル]

さまざまな用途向けにサービスをデプロイするためのソース コードと説明を提供するオープンソース プロジェクトが GitHub に多数用意されています。 GitHub リポジトリにアクセスして、機能と製品を学び、実験することをいつでも歓迎します。

Azure Health Data Services のサンプル

  • このリポジトリには、Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR®)、DICOM、MedTech サービス、データ関連サービスなど、Azure Health Data Services のサンプルが含まれています。

Azure Health Data Services Toolkit

  • Azure Health Data Services Toolkit で提供されている、コア サービスの動作を変更するカスタム操作を構築するための一貫したツールセットは、Azure Health Data Services の機能を拡張するのに役立ちます。

FHIR サーバー

データ変換と匿名化

FHIR コンバーター

  • microsoft/FHIR-Converter: CLI ツールと $convert-data FHIR エンドポイントを使って従来の医療データ形式を FHIR に変換するデータ変換プロジェクト
  • $convert-data 操作の形式で、Azure 用の FHIR サービスおよび FHIR サーバーと統合されます
  • OSS の継続的な改善と、FHIR サーバーへの継続的な統合

FHIR コンバーター - VS Code 拡張機能

  • microsoft/vscode-azurehealthcareapis-tools: FHIR Converter を使うためのツールのコレクションが含まれる VS Code の拡張機能
  • Visual Studio Marketplace にリリースされた FHIR Converter VS Code 拡張機能は、こちらでインストールできます
  • Liquid 変換テンプレートの作成と、Azure Container Registry でのテンプレートの管理に使われます

匿名化用の FHIR ツール

  • microsoft/Tools-for-Health-Data-Anonymization: FHIR データと DICOM データの識別を解除するためのツールを提供するデータ匿名化プロジェクト
  • de-identified $export 操作の形式で、Azure 用の FHIR サービスおよび FHIR サーバーと統合されます
  • FHIR データの場合は、Azure Blob Storage から FHIR データを読み取り、匿名化されたデータを書き戻すことによって、Azure Data Factory (ADF) パイプラインで使うこともできます

Analytics Pipelines

FHIR Analytics Pipelines は、FHIR データを矩形化して Azure Health Data Services FHIR Server、Azure API for FHIR、FHIR Server for Azure などの Azure FHIR サーバーから Azure Data Lake に移動し、それによって Azure Synapse Analytics、Power BI、Azure Machine Learning での分析に使用できるようにするための、コンポーネントとパイプラインの構築に役立ちます。

これらの 2 つのソリューションの説明と機能を以下にまとめます。

FHIR to Synapse Sync Agent

FHIR to Synapse Sync Agent は、FHIR Resource API を使って FHIR サーバーからデータを抽出し、それを階層型の Parquet ファイルに変換して、準リアルタイムで Azure Data Lake に書き込む Azure 関数です。 このエージェントには、Parquet ファイルを指す Synapse サーバーレス SQL プールに外部テーブルとビューを作成するためのスクリプトも含まれています。

このソリューションを使うと、Synapse Studio、SSMS、Power BI などのツールを使って、FHIR データ全体に対するクエリを実行できます。 Synapse Spark プールから Parquet ファイルに直接アクセスすることもできます。 すべての FHIR データに準リアルタイムでアクセスし、カスタム変換をダウンストリーム システムに先送りしたい場合は、このソリューションの使用を検討する必要があります。

FHIR to CDM Pipeline Generator

FHIR to CDM Pipeline Generator は、$export API を使って FHIR サーバーから Azure Data Lake Storage Gen 2 の CDM フォルダーに .csv 形式でデータのスナップショットを移動するための ADF パイプラインを生成するツールです。 このツールには、FHIR リソースとフィールドをテーブルに写像してフラット化する手順を含む、ユーザーが作成した構成ファイルが必要です。 また、こちらの手順のようにして、CDM フォルダーから Synapse 専用 SQL プールにデータを移動するためのダウンストリーム パイプラインを Synapse ワークスペースで作成することもできます。

このソリューションを使うと、CDM フォルダーに書き込まれるときにデータを表形式に変換できます。 FHIR サーバーから抽出されるときに FHIR データをカスタム スキーマに変換する場合は、このソリューションを検討する必要があります。

MedTech サービス

IoT Hub および IoT Central との統合

  • microsoft/iomt-fhir: データ正規化を使用した IoT Hub または IoT Central から FHIR への統合および正規化されたデータの FHIR 変換です
  • 正規化: デバイス データ情報は、追加処理のために一般的な形式に抽出されます
  • FHIR 変換: 正規化され、グループ化されたデータは FHIR にマップされます。 構成されたテンプレートに従って観察が作成または更新され、デバイスと患者にリンクされます。
  • 会話マップの構築に役立つツール: デバイス入力データを正規化するためのマッピング構成を視覚化し、FHIR リソースに変換します。 開発者は、このツールを使って、デバイスと FHIR の宛先のマッピングを編集してテストし、Azure portal で MedTech サービスにアップロードするためにそれらをエクスポートできます。

HealthKit と FHIR の統合

  • microsoft/healthkit-on-fhir: Apple HealthKit データの FHIR サーバーへのエクスポートを自動化する Swift ライブラリ。

DICOM サービス

DICOM サービスには、Azure に簡単にデプロイできるオープンソースの DICOM 用 Medical Imaging Server があります。 これにより、任意の DICOMweb™ 対応システムとの標準ベースの通信が可能になり、DICOM メタデータが FHIR サーバーに挿入されて、患者データの全体像が作成されます。 詳細については、DICOM サービスを使用した医療画像データの管理を参照してください。

次のステップ

この記事では、さまざまな用途のためにサービスを実験してデプロイするためのソース コードと手順を提供する、Azure Health Data Services のいくつかのオープンソース GitHub プロジェクトについて説明しました。 Azure Health Data Services について詳しくは、以下をご覧ください

Azure Health Data Services の概要

(FHIR®) は HL7 の登録商標であり、HL7 の権限を得て使用しています。