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OpenCravat: 変異のオープン カスタム ランク付け分析ツールキット

  • [アーティクル]

Note

重要な更新 2024 年 9 月 19 日: すべての URL が変更されています。 すべての Genomics Data Lake コンテナーへのパブリック アクセスを有効にしています。 既存の "署名された URL" (共有アクセス署名) は、2024-11-04T00:00:00Z に廃止されます。 これより後も、クエリ文字列のない URL は引き続き機能しますが、"署名された URL" は機能しなくなり、403 HTTP 状態コードが返されます。 適宜、この日付以降にクエリ文字列のないパブリック URL にアクセスするように計画してください ('?' と末尾の文字を削除する)。

OpenCRAVAT は、変異の影響、アノテーション、スコアリングを含むゲノム変異解釈を実行する Python パッケージです。 OpenCRAVAT にはモジュール型のアーキテクチャが採用され、さまざまな解析モジュールやアノテーション リソースが備わっており、特定の研究のニーズに応じて選択し、インストールして実行することができます。

データの詳細については、OpenCravat を参照してください。

Note

Microsoft は、Azure Open Datasets を "現状有姿" で提供します。 Microsoft は、データセットの使用に関して、明示または黙示を問わず、いかなる保証も行わないものとし、条件を定めることもありません。 現地の法律の下で認められている範囲内で、Microsoft は、データセットの使用に起因する、直接的、派生的、特別、間接的、偶発的、または懲罰的なものを含めたいかなる損害または損失に対しても一切の責任を負わないものとします。

このデータセットは、Microsoft がソース データを受け取った元の条件に基づいて提供されます。 データセットには、Microsoft が提供するデータが含まれている場合があります。

データ ソース

このデータセットは https://store.opencravat.org および https://run.opencravat.org のストアのミラーです。

データ量と更新の頻度

このデータセットには 500 GB のデータが含まれており、毎日更新されます。

保存先

このデータセットは米国西部 2 および米国中西部 Azure リージョンに保存されています。 アフィニティのため、米国西部 2 または米国中西部にコンピューティング リソースを割り当てることをお勧めします。

データ アクセス

米国西部 2: 'https://datasetopencravat.blob.core.windows.net/dataset '

米国中西部: 'https://datasetopencravat-secondary.blob.core.windows.net/dataset '

SAS Token: sv=2020-04-08&st=2021-03-11T23%3A50%3A01Z&se=2025-07-26T22%3A50%3A00Z&sr=c&sp=rl&sig=J9J9wnJOXsmEy7TFMq9wjcxjXDE%2B7KhGpCUL4elsC14%3D

使用条件

OpenCRAVAT は、GPLv3 ライセンスで利用できます。 ほとんどのデータ ソースは、非営利目的では無料です。 商用使用する場合は、各データ ソースの機関の連絡先にご相談ください。

Contact

rkarchi1@jhmi.edu

次の手順

Open Datasets カタログの残りのデータセットを表示します。