파티션을 복제하시는 것 보다는, PC의 BIOS 혹은 UEFI 펌웨어에서 부팅디스크 순서를 변경 해 주시고, 두번쨰 디스크에 윈도우를 새로 설치하여 셋업하는 것이 좋습니다.
간혹 PC복구툴 혹은 파티션 복제솔루션을 통해 복제하여 사용하는 경우가 종종 있습니다만, 부팅메니저 등의 파티션들이 복제가 잘 되지 않는 이슈로 인해 많은 불편함이 있을 것으로 생각 됩니다.
굳이 다시 깔고 싶지 않다고 하시면 제어판 -> 시스템 및 보안 -> 좌측 하단의 "시스템 이미지 백업" 을 통해 시스템 이미지를 백업하시고, 첫번째 디스크의 연결을 물리적으로 끊어주신 후 (노트북이라면, 물리적으로 제거 하시는 것을 추천합니다.) 두번째 디스크에 디스크 이미지를 내려보내면 시스템예약 파티션을 비롯한 모든 시스템이 내려갑니다.
Windows 7 때 글 이긴 하지만 http://www.theprojecty.net/tt/1091 를 참고하시면 도움이 되실 것 같습니다.
**드라이브 크기가 상이한 문제로 인해 되지 않는 경우가 있을 수 있으니, 필요한 데이터는 전부 백업 후 새로 설치하시는 것이 가장 깔끔할 것 같습니다.