복원할 위치에 같은 파일이 있는 경우 덮어씌우는게 아니라 건너뛰기를 하는 것 같네요. 복원과정에서 파일을 복원할 위치를 따로 선택하고 진행해보세요.
파일 백업은 사용자가 설정한 시간마다 전체 백업이 진행되요. 파일이 수정된 부분만 백업되는 것이 아니라 전체 백업이 되는거죠. 이름과 같이 파일만 백업 되는듯 합니다.
윈8부터 제공되는 파일 히스토리 기능을 참고해보세요. 윈8.1부터는 이전윈도우에서 쓰던 파일백업 기능이 없는걸로 알고 있습니다.
http://windows.microsoft.com/ko-kr/windows-8/set-drive-file-history
http://windows.microsoft.com/ko-kr/windows-8/how-use-file-history
http://windows.microsoft.com/ko-kr/windows-8/what-something-goes-wrong-file-history