Sim, ter memórias de frequências diferentes pode afetar o desempenho do sistema. O ideal é ter memórias com a mesma frequência para evitar problemas de compatibilidade e desempenho. Pois a a máquina vai nivelar pela menor frequência, o que leva a uma redução do desempenho.
Quanto à ativação do XMP, é possível que o problema esteja relacionado à diferença de frequência entre as memórias. O XMP é uma tecnologia que permite que as memórias trabalhem em sua máxima frequência, mas isso só é possível se as memórias forem compatíveis entre si.