Olá,
Mover todas as pastas e deixar apenas as pastas do Windows pode ser um risco, pois toda e qualquer configuração de softwares ficam no disco local C, dentro das configurações do usuário e os programas são desenvolvidos para que a instalação fique somente no C: e, movendo as informações, seria necessário que a instalação fosse personalizada para que pudesse escolher o local onde ficaria cada informação da instalação do software.
Por este motivo, não é aconselhável efetuar este tipo de alteração, porém se desejar, basta que você acesse a pasta do seu usuário, clique com o botão direito na pasta que deseja mover, clique em Propriedades, vá até a guia Local e faça a alteração do Local.
NOTA: Algumas pastas não permitem este tipo de ação devido ao fato de serem pastas do sistema e, desta forma, não poderão ser alteradas.
Existem alguns fóruns que mostram procedimentos que podem mover a pasta, porém conforme informado anteriormente, a Microsoft não garante o funcionamento e sugiro que faça o backup dos seus arquivos antes de efetuar qualquer procedimento.
Segue abaixo um dos links que encontrei com informações sobre sua dúvida.
Espero ter ajudado.
Até mais!!!