Olá,
Isso normalmente ocorre em 2 situações.
1- Quando você está utilizando teclado configurado em Inglês.
Para alterar as configurações do teclado, acesse "Painel de Controle", "Relógios, Idioma e Região", "Opções Regionais e de idioma". Na guia "Teclados e Idiomas", clique no botão "Alterar Teclados" e em seguida em "Adicionar". Localize "Português (Brasil)", assinale a caixa "Português (Brasil - ABNT2)" e clique em "OK". Em "Idioma de entrada padrão" selecione o idioma recém adicionado "Português (Brasil - ABNT2)". Clique em "Aplicar" e em seguida em "OK".
Experimente agora ao digitar nos programas mencionados, se os acentos funcionarão corretamente.
Se ainda assim o problema persistir, siga para o passo 2.
2- É possível que seja ação de vírus ou outro código malicioso.
Faça uma varredura completa com seu antivírus. Caso não possua antivírus, recomendo a utilização do Microsoft Security Essentials, gratuito para uso doméstico.
http://www.microsoft.com/pt-br/security_essentials/default.aspx
Recomendo também o antimalware de terceiros "Malwarebytes". Segue link para download.
Após efetuar uma verificação com os softwares acima citados, reinicie o computador e verifique se o erro persiste.
Espero ter ajudado.
Até mais!!!