Caro Fernando,
Após ter perdido quase uma madrugada toda com o mesmo problema que o seu, provavelmente o seu Windows esta configurado com a "inicialização rápida". Para resolver o problema va no painel de controle no seguinte caminho:
Painel de Controle\Hardware e Sons\Opções de Energia\Configurações do sistema
lá desabilite a opção "ligar inicialização rápida" e verás que seu computador irá desligar como no atalho desativando todas as portas usb da maquina.
Caso queira usar o atalho inverso do que esta usando para desligar, você pode usar o atalho com o comando;
shutdown.exe /s /hybrid 00
esse ira desligar o computador deixando as portas usb com energia e não altera a forma de desligamento configurado no painel de controle para a não inicialização rápida. A maquina só terá inicialização rápida quando for usado o comando acima, na próxima
vez que usa a função desligar no menu iniciar ou na barra lateral, o computador se desligara junto com as portas usb novamente pois a configuração esta para desativar a incializacao rápida.
espero ter ajudado e gostaria de ter seu feedback pra saber se com você funcionou também.
abraços