Olá MatheusH2.
Seja muito bem-vindo à Comunidade Microsoft!
Compreendo que está com as funções das teclas ALT e Windows invertidas e farei tudo o que estiver ao meu alcançe para ajudá-lo.
Primeiramente, gostaria que me informasse a marca e o modelo do teclado que está apresentando este comportamento, isso me ajudará bastante a identificarmos o que está ocorrendo. No entanto, mesmo sem esta informação, tentarei lhe sugerir algumas opções que podem resolver o problema.
Conforme encontrei em diversos relatos de usuários de Windows 10 que informaram exatamente o mesmo comportamento de alternância de função das teclas ALT e Windows, quase todos os casos foram resolvidos de uma forma semelhante.
Ao que parece, em alguns modelos de teclados, há uma função que faz com que o teclado se adapte tanto ao Windows quanto ao Mac OS, e esta configuração fica gravada na memória interna do seu teclado. Para redefinir as configurações, normalmente no site da fabricante do seu teclado terá a informação de quais teclas você deverá manter pressionadas para voltar as as definições para o padrão.
Um exemplo disso é o nos teclados da Cooler Masters, alguns modelos permitem redefinir as configurações da memória interna do teclado pressionando FN + E. Mas é importante ressaltar que a tecla varia de acordo com o que a fabricante determina.
Espero que esta resposta tenha que ajudado da melhor forma. Caso a sua dúvida foi esclarecida, peço, por gentileza que clique em Sim na questão Isso resolveu o seu problema? e marque esta questão como Resposta. Pois, dessa forma, você poderá auxiliar outras pessoas que estiverem com a mesma dificuldade.
Caso o problema persista, aguardo a sua resposta com mais detalhes sobre o seu teclado e o resultado dos testes que sugeri.
Um grande abraço!