Помогло удаление файла C:\Users\имя_пользователя\AppData\Local\IconCache.db.
Файл отвечает за кэширование иконок, видимо проблема в нём нарушала нормальную работу авторефреша рабочего стола. Удалять можно смело, он пересоздаётся автоматически свежий новый творожный.
Решение найдено, но жаль, что до сих пор не понятно:
- Чем была вызвана проблема
- Механизм автообновления рабочего стола.