Здравствуйте.
С другими устройствами хранения информации проблема возникает?
Проверьте будет ли возникать проблема в режиме чистой загрузки.
Подключите HDD к другому ПК скопируйте на него файлы, отформатируйте его и после этого заново скопируйте файлы и проверьте будет ли возникать с этим HDD проблема.