Здравствуйте.
Да, такая картина может наблюдаться. Из-за встроенных "фишек" ОС. При длительном простое система автоматом снижает быстродействие компа и плюс к этому начинает свои "служебные дела", например - обслуживание диска или сканирование на вирусы и т.п., отдавая аппаратный приоритет именно себе, считая что пользователя за компьютером в данное время нет. Ну и соответственно, когда пользователь "появляется", то системе, когда она глубоко увязла в своих личных делах, требуется некоторое время, чтобы полностью переключится на дела пользователя. Как то вот так...