Да, нужно сделать полную переустановку. Желательно отформатировать диск на который будете делать установку. Если там есть личные данные, то их нужно перенести.
Лично я не пользуюсь этой опцией, уж слишком она капризная. Легче всего загрузиться с флешки и сделать установку в тот же раздел БЕЗ форматирования- итог тот же, только система точно будет без повреждений.
Кстати, если у Вас флешка от Майкрософт, то есть оригинальная, то она тоже не всегда корректно работает. На форуме уже были случаи и причем довольно много, когда система просто не хотела с нее устанавливаться. Пользователи записывали свою флешку с сайта МС через программу Скачать средство https://www.microsoft.com/ru-ru/software-download/windows10 и установка проходила нормально.