После обновления, система удалит ВСЕ уже не нужные файлы. Не стоит тратить время на их удаление сейчас. Просто надо помочь системе закончить обновление.
Конечно, пока папки используются какими то системными процессами их удалить не возможно. Никаких прав на это не хватит, в том числе и адмнистраторских.