Здравствуйте.
Если, при восстановлении компьютера в исходное состояние, выбрать "Удалить всё", то будут удалены все пользовательские файлы, программы и настройки, а система будет перезаписана до состояния в каком она была на момент установки. Не изменёнными останутся только файлы образа в разделе восстановления. Всё остальное будет полностью удалено.
Пожалуйста не забудьте, перед началом восстановления, скопировать все нужные Вам файлы на съёмные носители. После восстановления компьютера в исходное состояние их вернуть не удастся.