Серия
Прогнозирование контакта белка от совместного развития аминокислоты с использованием сверточных сетей для изображений, возвращаемых графом
на Vladimir Golkov
Белки являются "строительными блоками жизни", самыми обильными органическими молекулами, и центральным фокусом большинства областей биомедиануса. Структура белка сильно связана с функцией белка, поэтому прогнозирование структуры является важной задачей на пути решения многих биологических вопросов. Карта контакта — это компактное представление трехмерной структуры белка через парные контакты между аминокислотой, образующей белок. Мы используем сверточная сеть для вычисления карт контакта белка из выводимой статистической связи между позициями в последовательности белка. Входные данные в сети имеют структуру, похожую на изображение, поддаются сверткам, но каждый "пиксель" вместо цветовых каналов содержит двухпартийный ненаправленный пограничный граф. Мы предлагаем несколько методов для обработки таких "изображений с значением графа" в свертной сети. Предлагаемый метод превысят состояние методов по большому краю. Кроме того, она обеспечивает большую гибкость в отношении входных данных, что делает его полезным для изучения широкого спектра проблем.
Белки являются "строительными блоками жизни", самыми обильными органическими молекулами, и центральным фокусом большинства областей биомедиануса. Структура белка сильно связана с функцией белка, поэтому прогнозирование структуры является важной задачей на пути решения многих биологических вопросов. Карта контакта — это компактное представление трехмерной структуры белка через парные контакты между аминокислотой, образующей белок. Мы используем сверточная сеть для вычисления карт контакта белка из выводимой статистической связи между позициями в последовательности белка. Входные данные в сети имеют структуру, похожую на изображение, поддаются сверткам, но каждый "пиксель" вместо цветовых каналов содержит двухпартийный ненаправленный пограничный граф. Мы предлагаем несколько методов для обработки таких "изображений с значением графа" в свертной сети. Предлагаемый метод превысят состояние методов по большому краю. Кроме того, она обеспечивает большую гибкость в отношении входных данных, что делает его полезным для изучения широкого спектра проблем.
Хотите оставить отзыв? Сообщить о проблеме можно здесь.