Bu makalede, Microsoft Genomiks ile ilgili olabilecek en önemli sorgular listelenir. Microsoft Genomiks hizmeti hakkında daha fazla bilgi için bkz . Microsoft Genomiks nedir?. Sorun giderme hakkında daha fazla bilgi için Sorun Giderme Kılavuzu'na bakın.
GATK4 iş akışlarını Microsoft Genomiks'te Nasıl yaparım? çalıştırabilirsiniz?
Microsoft Genomiks hizmetinin config.txt dosyasında için process_name gatk4belirtin. Normal faturalama fiyatlarıyla faturalandırılacağını unutmayın.
Çıktı sıkıştırmayı etkinleştirme Nasıl yaparım??
Çıktı sıkıştırma için isteğe bağlı bir bağımsız değişken kullanarak vcf veya gvcf çıkışını sıkıştırabilirsiniz. Bu, (bgzip çıkışı) ve .tbi (tabix çıktısı) dosyaları üretmek .gz için vcf veya gvcf çıkışında ve ardından -tabix çalıştırmaya -bgzip eşdeğerdir. bgzip vcf veya gvcf dosyasını sıkıştırır ve tabix sıkıştırılmış dosya için bir dizin oluşturur. bağımsız değişkeni, vcf çıkışı için varsayılan olarak ve gcvf çıkışı true için varsayılan olarak olarak ayarlanmış false bir boole değeridir. Komut satırında kullanmak için veya --bgzip-output true değerini belirtin -bz (bgzip ve tabix komutunu çalıştırın) veya false. Bu bağımsız değişkeni config.txt dosyasında kullanmak için, dosyaya veya bgzip_output: false ekleyinbgzip_output: true.
Microsoft Genomiks için SLA nedir?
Microsoft Genomics hizmetinin, iş akışı API isteklerini almak için %99,9 oranında kullanılabilir olacağını garanti ediyoruz. Daha fazla bilgi için bkz . SLA.
Microsoft Genomiks kullanımı faturamda nasıl görünür?
Microsoft Genomiks, iş akışı başına işlenen gigabayt sayısına göre faturalandırılır. Daha fazla bilgi için bkz. Fiyatlandırma.
'msgen' istemcisi için tüm olası komutların ve bağımsız değişkenlerin listesini nerede bulabilirim?
komutunu çalıştırarak msgen helpkullanılabilir komutların ve bağımsız değişkenlerin tam listesini alabilirsiniz. Başka bağımsız değişken sağlanmazsa, her biri , , cancelve statusiçin bir tane olmak üzere kullanılabilir yardım bölümlerinin submitlistbir listesini gösterir. Belirli bir komutla ilgili yardım almak için yazın msgen help command; örneğin, msgen help submit tüm gönderme seçeneklerini listeler.
'msgen' istemcisi için en sık kullanılan komutlar nelerdir?
En sık kullanılan komutlar, istemci için msgen bağımsız değişkenlerdir:
| Komut | Alan açıklaması |
|---|---|
list |
Gönderdiğiniz işlerin listesini döndürür. Bağımsız değişkenler için bkz msgen help list. . |
submit |
Hizmete bir iş akışı isteği gönderir. Bağımsız değişkenler için bkz msgen help submit. . |
status |
tarafından --workflow-idbelirtilen iş akışının durumunu döndürür. Ayrıca msgen help statusbkz. . |
cancel |
tarafından --workflow-idbelirtilen iş akışının işlenmesini iptal etmek için bir istek gönderir. Ayrıca msgen help cancelbkz. . |
'--api-url-base' değerini nereden alabilirim?
Azure portalına gidin ve Genomiks hesabı sayfanızı açın. Yönetim başlığı altında Erişim anahtarları'nı seçin. Burada hem API URL'sini hem de erişim anahtarlarınızı bulabilirsiniz.
'--access-key' değerini nereden alabilirim?
Azure portalına gidin ve Genomiks hesabı sayfanızı açın. Yönetim başlığı altında Erişim anahtarları'nı seçin. Burada hem API URL'sini hem de erişim anahtarlarınızı bulabilirsiniz.
Neden iki erişim anahtarına ihtiyacım var?
Hizmetin kullanımını kesintiye uğratmadan güncelleştirmek (yeniden oluşturmak) istemeniz durumunda iki erişim anahtarına ihtiyacınız vardır. Örneğin, ilk anahtarı güncelleştirmek istiyorsanız, tüm yeni iş akışlarının ikinci anahtarı kullanması gerekir. Ardından, ilk anahtarı güncelleştirmeden önce ilk anahtarı kullanan tüm iş akışlarının tamamlanmasını bekleyin.
Depolama hesabı anahtarlarımı kaydeder misiniz?
Depolama hesabı anahtarınız, Microsoft Genomiks hizmetinin giriş dosyalarınızı okuması ve çıkış dosyalarını yazması için kısa vadeli erişim belirteçleri oluşturmak için kullanılır. Varsayılan belirteç süresi 48 saattir. Belirteç süresi gönder komutu seçeneğiyle -sas/--sas-duration değiştirilebilir; değer saat cinsindendir.
Microsoft Genomiks müşteri verilerini depolar mı?
Hayır Microsoft Genomiks hiçbir müşteri verisi depolamaz.
Hangi genom başvurularını kullanabilirim?
Bu başvurular desteklenir:
| Başvuru | Değeri -pa/--process-args |
|---|---|
| b37 | R=b37m1 |
| hg38 | R=hg38m1 |
| hg38 (alternatif analiz yok) | R=hg38m1x |
| hg19 | R=hg19m1 |
Komut satırı bağımsız değişkenlerimi yapılandırma dosyası olarak Nasıl yaparım? biçimlendirin?
msgen, yapılandırma dosyalarını aşağıdaki biçimde anlar:
Tüm seçenekler anahtarlardan iki nokta üst üste ile ayrılmış değerlerle anahtar-değer çiftleri olarak sağlanır. Boşluk yoksayılır.
ile
#başlayan satırlar yoksayılır.Uzun biçimdeki herhangi bir komut satırı bağımsız değişkeni, başındaki tireler çıkarılarak ve sözcükler arasındaki tireler alt çizgilerle değiştirilerek anahtara dönüştürülebilir. Aşağıda bazı dönüştürme örnekleri verilmiştir:
Komut satırı bağımsız değişkeni Yapılandırma dosyası satırı -u/--api-url-base https://urlapi_url_base:https://url -k/--access-key KEYaccess_key:KEY -pa/--process-args R=B37m1process_args:R-b37m1
Sonraki adımlar
Microsoft Genomiks'i kullanmaya başlamak için aşağıdaki kaynakları kullanın:
- Microsoft Genomiks hizmeti aracılığıyla ilk iş akışınızı çalıştırarak başlayın. Microsoft Genomiks hizmeti aracılığıyla iş akışı çalıştırma
- Microsoft Genomiks hizmeti tarafından işlenmek üzere kendi verilerinizi gönderin: eşleştirilmiş FASTQ | BAM | Çoklu FASTQ veya BAM