DICOM hizmetini kullanan dijital patoloji

Makale
10/28/2023

Patoloji, öncelikle hastalığın nedenini, kökenini ve doğasını ilgilendiren bir tıp bilimi dalıdır. Hastalığı incelemek ve teşhis etmek için dokuların, organların, vücut sıvılarının ve otopsilerin incelenmesini içerir.

Geçmişte dokuların biyopsleri cam slaytlarda depolanır ve mikroskop altında araştırılır. Bu, klinisyenlerin ve patolojistlerin hem danışmanlık ve tanı hem de araştırma için bilgi paylaşmaları gerektiğinde güçlükler yaratır.

Dijital görüntüleme, laboratuvar dışında görüntü paylaşımını, yapay zeka/ML modellerini eğitmek ve uzun vadeli depolama için destek sunmanın bir yolu olarak patoloji alanında giderek daha popüler hale geliyor. Bu dönüşüm, mikroskop slaytlarının dijitalleştirilmesi için araçların ticari kullanılabilirliği ile destekleniyor.

Günümüzde dijital patoloji tarayıcıları genellikle görüntülemeyi özel biçimlerde oluşturur. Bu, paylaşma ve yapay zeka/ML modeli eğitimini karmaşıklaştırarak dijitalleştirmenin birçok avantajını köreltir. Bu dönüşümü kolaylaştırmak için birçok kuruluş, Tüm Slayt Görüntüleme (WSI) dijital slaytlarını DICOM standart biçimine dönüştürmeye başlıyor. Bu görüntüler DICOM® biçiminde olduktan sonra, bu görüntüler radyologlar tarafından onlarca yıldır mükemmelleştirilmiş araçlar ve süreçler kullanılarak yönetilebildiği ticari olarak kullanılabilir PACS sistemlerinde depolanabilir.

Dijital patoloji için DICOM hizmeti

DICOM hizmeti aşağıdakiler gibi benzersiz dijital patoloji gereksinimlerini destekler:

Boyut olarak birden çok GB olan patoloji DICOM örneklerini karşıya yüklemek için gereken ölçek ve performans.
Web görüntüleyicisinin DICOM patoloji görüntülerini gecikme veya bulanıklık olmadan sorunsuz bir şekilde kaydırmasına ve yakınlaştırmasına olanak sağlayan hızlı çerçeve erişimi.
Arşivleme ve araştırma kullanımı için görüntüleri uzun süreli tanılama sonrası depolamanın uygun maliyetli bir yolu.

Sayısallaştırma

DICOM standardı artık tam slayt görüntülerini (WSI) desteklese de, birçok edinme tarayıcısı DICOM biçiminde görüntü yakalamaz. DICOM hizmeti yalnızca DICOM biçimindeki görüntüleri destekler, bu nedenle WSI için diğer biçimlerde bir biçim dönüştürmesi gerekir. Bu biçim dönüştürmelerini gerçekleştirmek için çeşitli ticari ve açık kaynak çözümleri mevcuttur.

Kendi dönüştürücünüzü oluşturmak için bazı örnekler açık kaynak araçları aşağıdadır:

WSIDicomizer

Depolama

Dönüştürülen her WSI, birden çok örneği olan bir DICOM serisiyle sonuçlanır.

Toplu karşıya yükleme

Karşıya yüklenmesi gereken örneklerin daha büyük boyutunu ve sayısını göz önünde bulundurarak, İçeri Aktar'ı kullanarak her serinin toplu karşıya yüklenmesini veya dönüştürülen WSI'lerin toplu olarak yüklenmesini öneririz

Akış karşıya yükleme

Dönüştürüldükçe her dosyayı karşıya yüklemek istiyorsanız aşağıdaki gibi STOW tek parça isteğini kullanabilirsiniz.

Ön Koşullar

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Birkaç saniye içinde onlarca GB yüklemesini desteklemeyi test ettik.

Alma

Görüntüleyiciler, DICOM örneğinde çerçeve olarak depolanan kutucukları alır. Her DICOM örneği birden çok çerçeve içerebilir. Daha iyi performans için paralel tek parçalı GET çerçevesi kullanmanızı öneririz.

Ön Koşullar

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

İstemciden yaklaşık 60-70ms içinde 60 KB kutucuğun destek indirmesini test ettik.

Görüntüleyiciler

DICOMWeb hizmeti ve OIDC Kimlik Doğrulaması ile yapılandırılabilir herhangi bir WSI Görüntüleyicisi kullanmanızı öneririz.

Örnek açık kaynak görüntüleyici

Görüntüleyici doğrudan DICOM hizmetiyle etkileşimdeyse CORS yönergelerini izleyin

ISV iş ortağı bulma

dicom-support@microsoft.com Uçtan uca çözümler ve destek sağlayan iş ortağı ISV'lerimizle çalışmak istiyorsanız bu bağlantılara ulaşın.

Sonraki adımlar

DiCOM hizmetini Azure'da dağıtma

DICOM hizmetiyle DICOMweb API'lerini kullanma

Dekont

DICOM® , Tıbbi bilgilerin dijital iletişimleri ile ilgili Standartları yayınları için Ulusal Elektrik Üreticileri Birliği'nin tescilli ticari markasıdır.