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最大增长率估计与**增长率**

替换为 Thomas Petzoldt

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关键字:人口增长、非线性模型、差异公式
网页: https://CRAN.R-project.org/package=growthrateshttps://github.com/tpetzoldt/growthrates
人口增长率是健身的直接衡量标准,在许多理论和应用生物学学科中很常见,例如生理学、生态学、生态毒理学或药理学。 R增长率旨在简化批量实验或现场观测的直接或间接人口密度(例如细胞计数、光学密度或荧光)的增长率估计。 它适用于不同种类的细菌、普罗特主义者和元动物,例如 大肠杆菌蓝藻Paramecium、绿色藻类或 达夫尼亚
该包包括三种类型的方法:

  1. 使用霍尔和巴洛的“增长率使容易”方法将线性模型拟合到指数增长时期(2013年),
  2. 使用平滑器进行非参数增长率估计。 当前实现使用 function smooth.spline,类似于包 grofit 的方法(Kahm et al. 2010)
  3. 参数模型的非线性拟合,如逻辑、冈珀茨、巴兰尼或黄(黄 2011 年)与 Soetaert 和 Petzoldt (2010 年)的包 FME (灵活建模环境) 一起完成。 增长模型可以采用封闭形式提供,也可以作为差异公式的数值集成系统提供,这些模型使用包 deSolve (Soetaert、Petzoldt 和 Setzer 2010)和 cOde (Kaschek 2016)进行数值解析。 该包包含适合单个数据集或完整实验系列的方法。 它使用 S4 类并包含用于提取结果的函数(例如 coef、summary、residuals、...)和用于方便绘制的方法。 拟合模型和增长模型可以使用闪亮的应用进行可视化
    引用霍尔、Acar、B.G.和 M. Barlow。 2013. “增长率很容易。 莫·比洛·埃沃尔 31: 232–38. doi:10.1093/molbev/mst197

黄,李汉。 2011. “用于同时确定滞后阶段持续时间和指数增长率的新机械增长模型,以及用于评估温度对增长率的影响的新 Belehdredek 类型模型。 食物微生物 学 28 (4): 770 –76. doi:10.1016/j.fm.2010.05.019

卡姆、马蒂亚斯、吉多·哈森布林克、海拉·利希滕贝格-弗莱特、约斯特·路德维格和迈克·基奇舍。 2010. “格罗菲特:用 R 拟合生物生长曲线。 统计软件 杂志 33 (7): 1 -21. doi:10.18637/jss.v033.i07

卡舍克,丹尼尔 2016. cOde:用于 deSolve 和 bvpSolve 包的自动 C 代码生成。 https://CRAN.R-project.org/package=cOde

索塔特、卡琳和托马斯·佩茨罗德。 2010. “使用包 FME 在 R 中使用反向建模、敏感度和蒙特卡洛分析。 统计软件 杂志 33 (3): 1 -28. doi:10.18637/jss.v033.i03

Soetaert、Karline、Thomas Petzoldt 和 R. Woodrow Setzer。 2010. “在 R 中求解差异公式:包 deSolve。” 统计软件 杂志 33 (9): 1-25。 doi:10.18637/jss.v033.i09