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最大增长率估计与**增长率**

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useR！2017：最大增长率估计与 **gr...

关键字：人口增长、非线性模型、差异公式
网页： https://CRAN.R-project.org/package=growthrateshttps://github.com/tpetzoldt/growthrates
人口增长率是健身的直接衡量标准，在许多理论和应用生物学学科中很常见，例如生理学、生态学、生态毒理学或药理学。 R 包增长率旨在简化批量实验或现场观测的直接或间接人口密度（例如细胞计数、光学密度或荧光）的增长率估计。 它适用于不同种类的细菌、普罗特主义者和元动物，例如 大肠杆菌、 蓝藻、 Paramecium、绿色藻类或 达夫尼亚。
该包包括三种类型的方法：

  1. 使用霍尔和巴洛的“增长率使容易”方法将线性模型拟合到指数增长时期（2013年），
  2. 使用平滑器进行非参数增长率估计。 当前实现使用 function smooth.spline，类似于包 grofit 的方法（Kahm et al. 2010）
  3. 参数模型的非线性拟合，如逻辑、冈珀茨、巴兰尼或黄（黄 2011 年）与 Soetaert 和 Petzoldt （2010 年）的包 FME （灵活建模环境） 一起完成。 增长模型可以采用封闭形式提供，也可以作为差异公式的数值集成系统提供，这些模型使用包 deSolve （Soetaert、Petzoldt 和 Setzer 2010）和 cOde （Kaschek 2016）进行数值解析。 该包包含适合单个数据集或完整实验系列的方法。 它使用 S4 类并包含用于提取结果的函数（例如 coef、summary、residuals、...）和用于方便绘制的方法。 拟合模型和增长模型可以使用闪亮的应用进行可视化。
    引用霍尔、Acar、B.G.和 M. Barlow。 2013. “增长率很容易。 莫·比洛·埃沃尔 31: 232–38. doi：10.1093/molbev/mst197。

黄，李汉。 2011. “用于同时确定滞后阶段持续时间和指数增长率的新机械增长模型，以及用于评估温度对增长率的影响的新 Belehdredek 类型模型。 食物微生物 学 28 （4）： 770 –76. doi：10.1016/j.fm.2010.05.019。

卡姆、马蒂亚斯、吉多·哈森布林克、海拉·利希滕贝格-弗莱特、约斯特·路德维格和迈克·基奇舍。 2010. “格罗菲特：用 R 拟合生物生长曲线。 统计软件 杂志 33 （7）： 1 -21. doi：10.18637/jss.v033.i07。

卡舍克，丹尼尔 2016. cOde：用于 deSolve 和 bvpSolve 包的自动 C 代码生成。 https://CRAN.R-project.org/package=cOde。

索塔特、卡琳和托马斯·佩茨罗德。 2010. “使用包 FME 在 R 中使用反向建模、敏感度和蒙特卡洛分析。 统计软件 杂志 33 （3）： 1 -28. doi：10.18637/jss.v033.i03。

Soetaert、Karline、Thomas Petzoldt 和 R. Woodrow Setzer。 2010. “在 R 中求解差异公式：包 deSolve。” 统计软件 杂志 33 （9）： 1-25。 doi：10.18637/jss.v033.i09。