編碼: DNA 元素的百科全書

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重要更新 2025 年 5 月:親愛的社群,我們想要通知您有關目前可透過 Azure 取得的 Genomics 開放數據集即將進行的變更。 經過仔細考慮,我們決定將焦點轉移到新的舉措,以更好地為社區服務,並符合我們的長期目標。 因此,在未來幾個月內,Azure 上的 Genomics 開放數據集存取將會即將停用。 我們了解這些數據集對於研究、開發和學習具有價值,我們深表讚賞社群一段時間的貢獻和參與。 感謝您的理解和支援。

DNA 元素的百科全書 (ENCODE) 聯盟是眾多研究團隊合力持續進行的國際共同作業,由國家人類基因組研究所 (NHGRI) 贊助。 ENCODE 的目標,是為人類基因組中的功能元素打造完整的組件清單,包括在蛋白質層級與 RNA 層級活動的元素,以及控制活躍基因中細胞與環境的調節元素。

ENCODE 調查員會採用各種不同的論文與方法識別功能元素。 基因元素的探索與註釋主要會透過定序各種不同的 RNA 來源、比較基因組、綜合生物資訊方法,以及人力彙整完成。 調節元素的調查通常會透過 DNA 高敏感檢測、DNA 甲基化檢測,以及與 DNA 及 RNA 互動之蛋白質 (即修飾組蛋白、轉錄因子、染色質調控蛋白及 RNA 結合蛋白) 的免疫沉澱法 (IP),並加以定序完成。

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資料來源

本資料集是 https://www.encodeproject.org/ 中資料存放區的鏡像

資料量和更新頻率

本資料集包含約 756 TB 的資料,且每天更新。

儲存位置

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美國西部 2:’https://datasetencode.blob.core.windows.net/dataset’

美國中西部:'https://datasetencode-secondary.blob.core.windows.net/dataset'

使用條款

外部資料使用者可以不受限制地自由下載、分析和發佈基於任何 ENCODE 資料的結果,無論其類型或大小如何,並且對於 ENCODE 資料產生者,無論是作為個人成員還是作為聯盟的一部分,都沒有寬限期。 針對使用未發佈 ENCODE 資料的研究員,我們建議與資料產生者連絡以討論可能的出版物。 聯盟會以獨立出版物的方式,持續發佈自身分析作業的結果。

針對在出版物及簡報中使用 ENCODE 資料集 (不論是否已發佈) 的研究員,ENCODE 要求以 https://www.encodeproject.org/help/citing-encode/ 中所述的方式註明出處為 ENCODE 聯盟。

連絡人

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