Microsoft BizTalk Server 會傳送和接收實例訊息，每個訊息通常代表一或多個商務檔，例如採購單。 實例訊息是一或多個架構所定義的訊息結構的實例。 架構或一組一起使用的架構會定義構成有效實例訊息的內容。 例如，可以定義採購單內有數筆記錄，例如 ShipTo 記錄、BillTo 記錄、Items 記錄等等。 每個記錄都可以定義成包含自己的子記錄和欄位。 對應的架構會定義這些記錄和字段的潛在內容，而對應的實例訊息包含實際採購單，其中包含根據架構結構化的採購單數據。
BizTalk Server 可以透過可延伸的各種格式來傳送和接收實例訊息，其中 XML 格式具有特殊意義，因為所有訊息格式都會先轉譯成 XML 以便於內部處理。 特定 XML 檔會使用一組定義完善的開始和結束標記，以階層方式排列，以組織訊息內的數據，並判斷一個數據項的結尾和另一個開始的位置。 一或多個對應的 XML 架構會定義在其他標籤允許哪些標記，依何種順序管理符合訊息的結構。
舊版系統通常會使用另一種廣泛的格式類別，稱為一般檔格式。 這些格式會使用分隔符號（如製表符）和固定長度欄位的某些組合，以判斷一個數據項目結束和另一個數據項目開始的位置。
本節提供 BizTalk Server 通常處理之這兩種訊息類型結構的高階概觀。