連接系統
進行整合的首要條件是能在不同機器上使用不同軟體有效地交換訊息。 由於通訊樣式的多樣性存在，BizTalk Server必須支援各種通訊協定和訊息格式。 下面將描述一種新的引擎，能夠適用此種多元化的溝通方式。 不過，必須記住一項重要的概念就是，這種引擎內部只能使用 XML 文件。 不管接收到何種格式的訊息，接收後都必須將訊息轉換為 XML 文件。 同樣地，若文件的接收者無法接受 XML 文件，該引擎也會將文件轉換為目標接受的格式。
傳送和接收訊息：配接器
因為BizTalk Server必須與各種其他軟體通訊，所以它依賴介面卡來達成此情況。 配接器是通訊機制的實作，例如一個特殊的通訊協定。 開發人員會判定在哪種狀況下使用哪一種配接器。 他們可能會選擇其中一個內建介面卡BizTalk Server提供，例如，或使用針對熱門產品建立的介面卡，例如Windows SharePoint Services，甚至建立自訂介面卡。 在以上任何一種情形中，配接器是建立在稱為「配接器架構」的標準上。 此架構提供建立及執行配接器的常用方法，且也支援用來管理所有配接器類型的相同工具。
Microsoft BizTalk Server包含下列原生配接器：
檔案配接器：支援讀取和寫入 Windows 檔案系統中的檔案。 因為涉及商務程序的應用程式通常存取相同的檔案系統 (無論在本機或網路上)，所以透過檔案來交換訊息是很方便的選擇。
FTP 配接器：支援在檔案傳輸通訊協定 (FTP) 伺服器和BizTalk Server之間傳送和接收資訊。
HTTP 配接器：支援使用 HTTP 傳送和接收資訊。 BizTalk Server會公開一或多個 URL，以允許其他應用程式將資料傳送至該 URL，而且可以使用此配接器將資料傳送至其他 URL。
MSMQ 配接器：支援使用 Microsoft Message Queuing (MSMQ) 來傳送和接收訊息。
WebSphere MQ 配接器：支援使用 IBM 的 WebSphere MQ (先前稱為 MQSeries) 來傳送和接收訊息。
POP3 配接器：支援使用 Post Office 通訊協定第三版 (POP3) 來接收電子郵件訊息及其附件。
SMTP 配接器：支援使用 SMTP 傳送訊息。 使用標準電子郵件地址來識別合作對象。
SOAP 配接器：支援傳送和接收 Web 服務要求，讓BizTalk Server連線到 Web 服務。
WCF 配接器：支援使用 Windows Communication Foundation 傳送和接收資訊。
Windows SharePoint Services (WSS) 配接器：支援存取及發佈儲存在 Microsoft Windows SharePoint 文件庫中的檔。
Microsoft 也提供一些常用商務軟體的配接器，包括：
Microsoft BizTalk Adapter for JD Edwards OneWorld
Microsoft BizTalk Adapter for JD Edwards EnterpriseOne
Microsoft BizTalk Adapter for PeopleSoft Enterprise
Microsoft BizTalk Adapter for TIBCO Rendezvous
Microsoft BizTalk Adapter for TIBCO Enterprise Message Service
如需這些配接器的詳細資訊，請參閱BizTalk Server 中的配接器。
不管用來接收資料的配接器為何，所接收的訊息必須經過處理，協調流程才能存取。 同樣地，由協調流程產生的外寄訊息一般會先經過處理，然後配接卡才會傳送它們。
處理訊息：管線
商務程式基礎的應用程式會交換各種檔來通訊：例如，採購單和發票。 若要讓BizTalk Server應用程式執行商務程式，它必須能夠正確處理包含這些檔的訊息。 這項處理可能包含多個步驟，因此會由訊息管線執行。 內送訊息透過接收管線處理，而外寄訊息則是透過傳送管線傳送。
例如，雖然越來越多的應用程式都設計為可瞭解 XML 文件，但是目前多數的應用程式仍無法瞭解。 因為BizTalk Server只能在內部使用 XML 檔，所以它必須提供將其他格式轉換成 XML 和從 XML 轉換的方法。 也可能需要其他服務，例如驗證訊息的寄件者。 若要在模組中處理這些工作，而不是自訂程序，會在某幾個階段中建構管線，而每個階段都包含一或多個啟用的 .NET 或「元件物件模型」(COM) 元件。 每個元件會處理特定的訊息處理程序部分。 BizTalk Server提供數個處理最常見案例的標準元件。 若這樣還不夠，開發人員也可以為接收和傳送管線二者建立自訂元件。
上圖說明接收管線中的階段，以及為每一個階段提供的標準元件。 這些階段與其相關元件如下：
解碼：BizTalk Server提供此階段的一個標準元件 MIME/SMIME 解碼器。 此元件可以處理訊息以及任何包含在 MIME 或 Secure MIME (S/MIME) 格式的附件。 元件會將這兩種類型的訊息轉換成 XML，而且它也可以解碼 S/MIME 訊息以及驗證其數位簽章。
反組解碼：提供三個標準元件。 一般檔案解譯器元件可將一般檔案轉換成 XML 文件。 這些檔案可以是序數 (每一筆記錄有相同長度和結構) 或分隔 (指派的字元是用於分隔檔案中的記錄)。 第二個標準元件是 XML 解譯器，可剖析已使用 XML 描述的內送訊息。 第三個標準元件是目前不常用的 BizTalk Framework 解譯器。 它接受由 BizTalk Framework (在 BizTalk Server 2000 中實作) 定義之可靠訊息機制所傳送的訊息。
驗證：BizTalk Server為此階段提供 XML 驗證程式元件。 如其名稱所示，此元件會驗證由「解譯」階段為指定之結構描述或結構描述群組產生的 XML 文件，然後當文件不符合其中一個結構描述時傳回錯誤。
解決方：此階段的唯一標準元件「合作物件解決」會嘗試判斷此郵件寄件者的身分識別。 如果訊息經過數位簽署，則簽章會用來在 BizTalk Server 的管理資料庫中查閱 Windows 身分識別。 (如稍後所述，BizTalk Server管理工具也會使用此資料庫。) 如果訊息具有 Windows 使用者的已驗證安全性識別碼 (SID) ，則會使用此身分識別。 若任何機制皆未成功，訊息寄件者會被指派預設匿名身分。
外寄訊息也可以透過多個階段傳送，如使用中傳送管線定義一般。 上圖顯示傳送管線的階段和標準元件。 分別是：
預先組合：未提供任何標準元件。 反之，可以視需要將自訂元件插入此處。
組合：平行處理接收管線中的反組譯階段，此階段也有三個標準元件。 一般檔案組合器會將 XML 訊息轉換為位置或分隔的一般檔案，而 XML 組合器則支援新增信封及對外寄 XML 訊息進行變更。 第三個選擇就是 BizTalk Framework 組合器，它會使用 BizTalk Framework 傳訊技術封裝訊息以進行可靠的傳輸。
編碼：BizTalk Server只定義此階段的一個標準元件 MIME/SMIME 編碼器。 此元件會用 MIME 或 S/MIME 格式封裝外寄訊息。 若使用 S/MIME，也可以數位簽章和加密訊息。
BizTalk Server定義一些預設管線，包括簡單的接收/傳送配對，可用來處理已經以 XML 表示的訊息。 開發人員也可使用「管線設計師」建立自訂管線。 此工具會在 Visual Studio 內執行，提供圖形化介面，可讓開發人員拖放元件，以建立具有任何必要行為的管線。
選擇訊息：訂用帳戶
當訊息已經進入配接器及接收管線後，下一步就是判定它的目的地。 訊息最常以協調流程為目標，但也可以讓訊息直接移至傳送管線，讓BizTalk Server只做為傳訊系統使用。 在任何狀況下，都會使用訂閱讓訊息與其目的地相符。
當接收管線處理訊息時，會建立包含多個訊息屬性的訊息內容。 協調流程或傳送管線可以以這些屬性的值為基礎，訂閱訊息。 例如，協調流程可以建立符合所有「發票」類型訊息的訂閱、或從 QwickBank 公司接收到所有「發票」類型的訊息、或從 QwickBank 公司收到且超過 $10,000 的「發票」類型訊息。 不管指定什麼，訂閱只會將符合訂閱定義的訊息傳回給訂閱者。 接收的訊息可能會建立部分協調流程來起始商務程序，或者它可能啟動執行中商務程序的其他步驟。 同樣地，當協調程序傳送訊息時，該訊息會符合以管線建立之訂閱為基礎的傳送管線。
- 在BizTalk Server中，也可以訂閱特定的錯誤狀況。 可以特定方式處理錯誤訊息或路由傳送到特定目的地，如 Windows SharePoint Services 資料夾。