劇集
R 中數位PCR實驗的整合式分析
取代為 Stefan Rödiger
useR！2017：數字PCR exper的綜合分析...
關鍵詞：數位PCR，多重比較，GUI，可重現的研究
網頁：https://CRAN.R-project.org/package=dpcR、、 http://michbur.github.io/dpcR%5Fmanual/http://michbur.github.io/pcRuniveRsum/
數位PCR（dPCR）是一種變異的PCR，其中PCR放大是在多個小型體積反應（稱為分割區）中進行，而不是大量進行。 每個分割區的二分法狀態（正或負放大）用於由波森轉換正分割的比例來絕對量化樣板分子。 dPCR 技術及其應用程式的大規模擴張，緊隨其後的是統計數據分析方法的發展。 然而，軟體環境分散，由各種程式設計語言的腳本、範圍狹窄或封閉來源廠商軟體套件的網頁伺服器組成，通常與平臺緊密相連。 這會導致不利的環境，因為不同平台的結果，甚至來自使用相同平臺的不同實驗室，無法輕易地彼此比較。
為了解決這些挑戰，我們開發了 dpcReport 閃亮伺服器，提供開放原始碼工具來分析 dPCR 數據。 dpcReport 為 dPCR 社群提供簡化的分析架構，與不同 dPCR 平台的數據輸出（例如 CSV、XLSX）相容（例如 Bio-Rad QX100/200、Biomark）。 這超出了廠商提供之軟體的基本 dPCR 數據分析，這通常僅限於每個分割區平均範本號碼及其不確定性的計算。 dpcReport 可讓使用者更充分掌控其數據分析，並受益於標準化和可重現的分析。
無論平臺廠商或類型 （droplet 或 chamber dPCR） 為何，我們的網頁伺服器都會分析數據。 它不限於商業可用的平臺，也可以透過通用 REDF 格式匯入數據來搭配實驗系統使用，其遵循 IETF RFC 4180 標準。 dpcReport 為使用者提供數據品質控制的進階工具，並納入統計測試，用於比較實驗 [@burdukiewicz_methods_2016] 中的多個反應，目前在許多 dPCR 相關軟體工具中不存在。 dpcReport 為使用者提供數據品質控制的進階工具。 進行的分析完全整合在廣泛且可自定義的互動式 HTML 報表內，包括數位、數據表和計算。
為了改善重現性和透明度，報表可能包含 R 中的代碼段，以精確重現 dpcReport 所執行的分析。 我們開發了 dpcR 套件來收集閃亮伺服器採用的所有功能。 此外，此套件提供額外的功能，可促進 dPCR 數據的分析和品質控制。 不過，核心功能可透過閃亮的伺服器取得，以將使用軟體所需的進入屏障降到最低。
dpcReport 和 dpcR 都遵循 dMIQE 指導方針的標準化 dPCR 名詞 [@huggett_digital_2013]。 由於軟體所提供的大量功能一開始可能壓倒性，因此我們的軟體已廣泛記載。 檔會透過範例數據集的分析來擴充。
dpcReport Web 伺服器和 dpcR 套件屬於 pcRuniveRsum，這是用於分析實驗 DNA 放大的 R 工具集合
useR！2017：數字PCR exper的綜合分析...
關鍵詞：數位PCR，多重比較，GUI，可重現的研究
網頁：https://CRAN.R-project.org/package=dpcR、、 http://michbur.github.io/dpcR%5Fmanual/http://michbur.github.io/pcRuniveRsum/
數位PCR（dPCR）是一種變異的PCR，其中PCR放大是在多個小型體積反應（稱為分割區）中進行，而不是大量進行。 每個分割區的二分法狀態（正或負放大）用於由波森轉換正分割的比例來絕對量化樣板分子。 dPCR 技術及其應用程式的大規模擴張，緊隨其後的是統計數據分析方法的發展。 然而，軟體環境分散，由各種程式設計語言的腳本、範圍狹窄或封閉來源廠商軟體套件的網頁伺服器組成，通常與平臺緊密相連。 這會導致不利的環境，因為不同平台的結果，甚至來自使用相同平臺的不同實驗室，無法輕易地彼此比較。
為了解決這些挑戰，我們開發了 dpcReport 閃亮伺服器，提供開放原始碼工具來分析 dPCR 數據。 dpcReport 為 dPCR 社群提供簡化的分析架構，與不同 dPCR 平台的數據輸出（例如 CSV、XLSX）相容（例如 Bio-Rad QX100/200、Biomark）。 這超出了廠商提供之軟體的基本 dPCR 數據分析，這通常僅限於每個分割區平均範本號碼及其不確定性的計算。 dpcReport 可讓使用者更充分掌控其數據分析，並受益於標準化和可重現的分析。
無論平臺廠商或類型 （droplet 或 chamber dPCR） 為何，我們的網頁伺服器都會分析數據。 它不限於商業可用的平臺，也可以透過通用 REDF 格式匯入數據來搭配實驗系統使用，其遵循 IETF RFC 4180 標準。 dpcReport 為使用者提供數據品質控制的進階工具，並納入統計測試，用於比較實驗 [@burdukiewicz_methods_2016] 中的多個反應，目前在許多 dPCR 相關軟體工具中不存在。 dpcReport 為使用者提供數據品質控制的進階工具。 進行的分析完全整合在廣泛且可自定義的互動式 HTML 報表內，包括數位、數據表和計算。
為了改善重現性和透明度，報表可能包含 R 中的代碼段，以精確重現 dpcReport 所執行的分析。 我們開發了 dpcR 套件來收集閃亮伺服器採用的所有功能。 此外，此套件提供額外的功能，可促進 dPCR 數據的分析和品質控制。 不過，核心功能可透過閃亮的伺服器取得，以將使用軟體所需的進入屏障降到最低。
dpcReport 和 dpcR 都遵循 dMIQE 指導方針的標準化 dPCR 名詞 [@huggett_digital_2013]。 由於軟體所提供的大量功能一開始可能壓倒性，因此我們的軟體已廣泛記載。 檔會透過範例數據集的分析來擴充。
dpcReport Web 伺服器和 dpcR 套件屬於 pcRuniveRsum，這是用於分析實驗 DNA 放大的 R 工具集合
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