下一個問題是，應用程式的目標 DBMS（DBMS）是什麼？有哪些驅動程式支援這些 DBMS？ 由於通用應用程式通常高度互通，目標資料庫管理系統的問題最適用於客製化及垂直應用。 然而，目標驅動程式的問題適用於所有應用程式，因為驅動程式在速度、品質、功能支援及可用性上差異甚大。 此外，若驅動程式將隨應用程式重新分配，則需考慮授權計畫的成本與可用性。
對許多自訂應用程式來說，目標DBMS（DBMS）很明顯：它們是應用程式設計來存取的現有DBMS。 未來計劃遷移至的資料庫管理系統（DBMS）也應被納入考量。 然而，這些應用程式的主要問題是該使用哪個或多個驅動程式。 對於其他自訂應用程式——那些不設計用於存取現有資料庫管理系統的應用程式——可根據功能支援、同時使用者支援、驅動程式可用性及經濟性來選擇目標DBMS。
對於垂直應用，目標資料庫管理系統通常根據功能支援、驅動程式可用性及市場來選擇。 例如，為小型企業設計的垂直應用程式必須針對這些企業負擔得起的資料庫管理系統（DBMS）;作為現有資料庫管理系統（DBMS）附加元件的垂直應用，必須針對廣泛使用的資料庫管理系統（DBMS）。
在選擇目標資料庫管理系統時，應考慮桌面型與伺服器型資料庫的差異。 桌面資料庫如 dBASE、Paradox 和 Btrieve 不如伺服器資料庫強大。 由於它們通常透過大多數檔案驅動程式中較弱的 SQL 引擎存取，因此通常缺乏完整的交易支援，支援較少同時進行的使用者，且 SQL 資源有限。 不過，它們價格便宜且擁有龐大的安裝基礎。
伺服器資料庫如 Oracle、DB2 和 SQL Server 提供完整的交易支援，支援大量並行使用者，並擁有豐富的 SQL。 它們價格較高，且安裝基數較小。 另一方面，軟體價格通常較高，這在某種程度上抵銷了較小的潛在市場。
因此，目標資料庫管理系統有時可根據應用程式及其目標市場所需的功能來選擇。 例如，大型企業的訂單輸入系統可能不會針對桌面資料庫，因為這些資料庫缺乏足夠的交易支援。 為小型企業設計的類似系統可能因成本考量而排除大多數伺服器資料庫。 而通用應用程式的開發者可能會同時針對兩者，但避免使用伺服器資料庫中的進階功能。