Tento článek obsahuje seznam nejčastějších dotazů, které můžete mít v souvislosti s Microsoft Genomics. Další informace o službě Microsoft Genomics najdete v tématu Co je Microsoft Genomics?. Další informace o řešení potíží najdete v průvodci odstraňováním potíží.
Návody spouštět pracovní postupy GATK4 v Microsoft Genomics?
V souboru config.txt služby Microsoft Genomics zadejte process_name na gatk4. Mějte na paměti, že se vám budou účtovat běžné fakturační sazby.
Návody povolit kompresi výstupu?
Výstupní vcf nebo gvcf můžete zkomprimovat pomocí volitelného argumentu pro kompresi výstupu. To odpovídá spuštění a následnému -tabix spuštění -bgzip na výstupu vcf nebo gvcf, aby se vytvořily .gz (výstup bgzip) a .tbi (výstup tabix) soubory. bgzip komprimuje soubor vcf nebo gvcf a tabix vytvoří index pro komprimovaný soubor. Argument je logická hodnota, která je ve výchozím nastavení nastavená na false hodnotu pro výstup vcf a true na výchozí hodnotu pro výstup gcvf. Pokud chcete použít příkazový řádek, zadejte -bz nebo --bgzip-output jako true (spusťte bgzip a tabix) nebo false. Chcete-li tento argument použít v souboru config.txt, přidejte bgzip_output: true do souboru nebo bgzip_output: false .
Jaká je smlouva SLA pro Microsoft Genomics?
Zaručujeme, že 99,9 % času bude služba Microsoft Genomics k dispozici pro příjem požadavků rozhraní API pracovních postupů. Další informace najdete v tématu SLA.
Jak se využití Služby Microsoft Genomics zobrazuje na faktuře?
Microsoft Genomics fakturuje na základě počtu gigabáze zpracovaných na pracovní postup. Další informace najdete na stránce s cenami.
Kde najdu seznam všech možných příkazů a argumentů pro klienta msgen?
Úplný seznam dostupných příkazů a argumentů získáte spuštěním příkazu msgen help. Pokud nejsou zadané žádné další argumenty, zobrazí se seznam dostupných oddílů nápovědy, jeden pro každou z , submitlist, cancela status. Pokud chcete získat nápovědu pro konkrétní příkaz, zadejte msgen help command. Například msgen help submit zobrazí seznam všech možností odeslání.
Jaké příkazy se nejčastěji používají pro klienta msgen?
Nejčastěji používané příkazy jsou argumenty pro msgen klienta:
| Příkaz | Popis pole |
|---|---|
list |
Vrátí seznam úloh, které jste odeslali. Argumenty najdete v tématu msgen help list. |
submit |
Odešle do služby požadavek pracovního postupu. Argumenty najdete v tématu msgen help submit. |
status |
Vrátí stav pracovního postupu určený nástrojem --workflow-id. Viz také msgen help status. |
cancel |
Odešle žádost o zrušení zpracování pracovního postupu určeného nástrojem --workflow-id. Viz také msgen help cancel. |
Kde získám hodnotu pro --api-url-base?
Přejděte na Azure Portal a otevřete stránku účtu Genomics. Pod nadpisem Správa zvolte Přístupové klíče. Tam najdete adresu URL rozhraní API i přístupové klíče.
Kde získám hodnotu "--access-key"?
Přejděte na Azure Portal a otevřete stránku účtu Genomics. Pod nadpisem Správa zvolte Přístupové klíče. Tam najdete adresu URL rozhraní API i přístupové klíče.
Proč potřebuji dva přístupové klíče?
Pokud je chcete aktualizovat (znovu vygenerovat) bez přerušení používání služby, potřebujete dva přístupové klíče. Pokud například chcete aktualizovat první klíč, měli byste, aby všechny nové pracovní postupy používaly druhý klíč. Potom před aktualizací prvního klíče počkejte, až se dokončí všechny pracovní postupy používající první klíč.
Ukládáte mi klíče účtu úložiště?
Klíč účtu úložiště se používá k vytváření krátkodobých přístupových tokenů pro službu Microsoft Genomics ke čtení vstupních souborů a zápisu výstupních souborů. Výchozí doba trvání tokenu je 48 hodin. Dobu trvání tokenu je možné změnit pomocí -sas/--sas-duration možnosti příkazu submit; hodnota je v hodinách.
Ukládá Microsoft Genomics zákaznická data?
Ne. Microsoft Genomics neukládá žádná zákaznická data.
Jaké odkazy na genom můžu použít?
Podporují se tyto odkazy:
| Reference | Hodnota -pa/--process-args |
|---|---|
| b37 | R=b37m1 |
| hg38 | R=hg38m1 |
| hg38 (bez alternativní analýzy) | R=hg38m1x |
| hg19 | R=hg19m1 |
Návody formátovat argumenty příkazového řádku jako konfigurační soubor?
msgen rozumí konfiguračním souborům v následujícím formátu:
Všechny možnosti jsou k dispozici jako páry klíč-hodnota s hodnotami oddělenými od klíčů dvojtečkami. Prázdné znaky se ignorují.
Řádky začínající na
#jsou ignorovány.Všechny argumenty příkazového řádku v dlouhém formátu lze převést na klávesu tak, že odstraníte jeho úvodní pomlčky a nahradíte pomlčky mezi slovy podtržítky. Tady je několik příkladů převodu:
Argument příkazového řádku Řádek konfiguračního souboru -u/--api-url-base https://urlapi_url_base:https://url -k/--access-key KEYaccess_key:KLÍČ -pa/--process-args R=B37m1process_args:R-b37m1
Další kroky
Pokud chcete začít pracovat s Microsoft Genomics, využijte následující zdroje informací:
- Začněte spuštěním prvního pracovního postupu prostřednictvím služby Microsoft Genomics. Spuštění pracovního postupu prostřednictvím služby Microsoft Genomics
- Odeslání vlastních dat ke zpracování službou Microsoft Genomics: spárované FASTQ | BAM | Multiple FASTQ nebo BAM